احمد خاتمی، عضو هیات رییسه مجلس خبرگان، در واکنش به سخنان محمود امجد مبنی بر اینکه «شخص علی خامنه‌ای مسئول جنایات و کشته‌شدگان از سال۸۸ است»، گفت: «محمود امجد عددی نیست اما موضوع یک جریان ولایت ستیز صد درصد برانداز است که باید با آن مقابله کرد.»

عضو هیات رییسه مجلس خبرگان، سوم دی ماه در دیدار با مسئول بسیج اساتید، مدیران و نخبگان حوزه علمیه قم، سخنان محمود امجد، استاد اخلاق حوزه‌های علمیه، را محکوم کرد و گفت: «قصه امجد قصه یک فرد نیست، قصه یک جریان است، خود امجد عددی نیست که روی آن بتوان حساب کرد، در‌شان و جایگاهی نیست که همه برای پاسخ گویی به آن وارد شوند» اما «آنچه مهم است جریان ولایت ستیز است، که ۱۰۰ درصد یک جریان برانداز است.»

احمد خاتمی، که با حکم خامنه‌ای امام جمعه موقت تهران و عضو شورای نگهبان و همزمان نایب رییس مجلس خبرگان و نایب رییس جامعه مدرسین حوزه علمیه قم است، از خامنه‌ای به عنوان «امام» نام برد و گفت که «جریان ولایت ستیز با سوء‌استفاده از شرایط موجود می‌خواهند به محوری که مایه وحدت ملت است آسیب برسانند و این محور، مقام معظم رهبری امام خامنه‌ای حفظه الله است».

خاتمی تاکید کرد که «معاندین خوب می‌دانند تنها محوری که همه خود را ملزم به اطاعت از او می‌دانند  مقام معظم رهبری است» و به همین دلیل «از جریان‌های فرهنگی و سیاسی کشور انتظار داریم که در برابر این جریان بایستند.»

این عضو هیات رییسه مجلس خبرگان، سخنان محمود امجد درباره نقش و مسئولیت علی خامنه‌ای در مورد «جنایات و کشته‌شدگان از سال۸۸ تاکنون» را «تداوم فتنه ۸۸» خواند و گفت: «مساله یک فرد حقیری نیست و اینقدر ارزش ندارد که ما نگران آن باشیم، اینگونه ریزش‌ها از اول انقلاب تاکنون بی‌سابقه نیست.»

احمد خاتمی همزمان و به صراحت خواهان برخورد با محمود امجد و دیگر و روحانیان منتقد خامنه‌ای شد و گفت: «از تمام جریان‌های انقلابی می‌خواهم، عقبه این ماجرا را ببینند و در برابر این عقبه بایستند.»

محمود امجد، استاد اخلاق حوزه‌های علمیه، در واکنش به اعدام روح‌الله زم او را «مقتول مظلوم» خواند و رهبر جمهوری اسلامی را مسئول مستقیم «همه جنایت‌ها و کشته‌شدگان» از سال ۱۳۸۸‌ دانست.

این روحانی پرنفوذ حوزه شامگاه سه‌شنبه ۲۵ آذرماه در یک سخنرانی زنده در صفحه اینستاگرام خود، گفت: «تعجب می‌کنم از اعمال خودمان و همه که چرا یک جوانی [روح‌الله زم] را مظلومانه اعدام می‌کنند و کک‌ ما نمی‌گزد. من برای این جوان ناراحتم چون مظلوم کشته شد.»

او سخنان علی خامنه‌ای در نماز جمعه ۲۹ خرداد سال۸۸ را «خطبه خونین» خواند و گفت که در همان سخنرانی خامنه‌ای با «لگد استکبار» موجب نابودی بسیاری از امور در کشور شد. امجد افزود: «علی خامنه‌ای باید از استبداد رای خود بگذرد. تمام خون‌ها و کشته‌هایی که از سال ۸۸ شده،‌ همه آن‌ها مسئولش خامنه‌ای است.»

محمود امجد، که از اساتید اخلاق در حوزه‌های علمیه است، در سخنان خود تاکید کرد که رهبر جمهوری اسلامی از «همه جریانات مملکت و ریز و درشت» خبر دارد و در آن مسئول است و بهتر است تا دیر نشده توبه کند.

امجد همچنین از سکوت دفتر علی سیستانی،‌ مرجع تقلید شیعه در عراق، که گزارش‌ها حاکیست نیروهای امنیتی ایران به نام او روح‌الله زم را به عراق خوانده و کشانده بودند، انتقاد کرد. 

پیش از احمد خاتمی نیز شماری از مدیران، مدرسان و طلاب حوزه‌‌های علمیه نیز ضمن اعلام برائت از سخنان اخیر محمود امجد، استاد اخلاق حوزه، درباره مسئولیت رهبر جمهوری اسلامی در «قتل» روح‌الله زم و جنایت‌های پس از سال ۱۳۸۸، خواستار توبه او شدند.

علیرضا اعرافی، مدیر حوزه‌های علمیه نیز در بیانیه‌ای، سخنان امجد را «دفاع از مجرمان و تهدیدکنندگان امنیت ملی و فتنه‌انگیزان و وابستگان به سازمان‌های جاسوسی بیگانگان» خواند و اعلام کرد در عهد خود با علی خامنه‌ای از هیچ کوششی دریغ نخواهد کرد.