افزایش مطالبات مراکز درمانی از بیمه‌ها از جمله تامین اجتماعی و بیمه سلامت موجب نگرانی فزاینده‌ای شده است. از این‌رو درحال حاضر بسیاری از مراکز پخش دارو و تجهیزات پزشکی دچار ورشکستگی شده‌اند.  اکبرعبداللهی، مدیرکل نظارت و ارزیابی  دارو و مواد مخدر سازمان غذا و دارو چندی پیش از کمبود ۵۳ قلم داروی تولید داخل کشور خبر داد. به گفته این مقام مسئول «این داروها یا دچار کمبود شدند یا در شرف آن هستند. علت این مشکلات نبود نقدینگی کافی است که سازمان غذا و دارو هیچ دخالتی در آن نداشته و فقط نسبت به آن هشدار می‌دهد.»  
براساس گفته‌های مقامات مسئول در بخش نظارت بر دارو، در حال حاضر بیمه، شش ماه بدهی‌های داروخانه‌های خصوصی و یکسال مطالبات بیمارستان‌ها را پرداخته نکرده است و این موضوع باعث فشار مضاعفی بر صنعت داروسازی کشور شده است. عدم همکاری بیمه‌ها و سیستم بیمه‌ای از صنعت داروسازی باعث شده که این صنعت که خود عامل درمان است، بیمارتر از قبل شود.  
براساس گفته‌های عبداللهی در حال حاضر در صنعت دارو واردکنندگانی وجود دارد  که با بازاری بالغ بر ۴۵۰۰ میلیارد تومان ، داروهایی را که تولید داخل ندارند، وارد می‌کنند. از طرفی دیگر این سازمان با تولیدکنندگان مواد اولیه که کل گردش مالی آنها ۱۵۰۰ میلیارد تومان است روبروست.

مدیر کل نظارت بر دارو سازمان غذا و دارو چندی پیش هشدار داده بود که بیمه‌ها با مدیریت غیرمعقول پول ندارند تا بدهی‌هایشان را پرداخت کنند و این موضوع صنعت داروسازی کشور را زمین می‌زند.

همچنین محمدنعیم امینی‌فرد،عضو کمیسیون بهداشت و درمان مجلس، نیز در خصوص اظهارات مدیرکل نظارت بر دارو سازمان غذا و دارو مبنی بر وجود مشکل نقدینگی گفت: «فرآیند تولید دارو در تمامی کشورهای دنیا ازجمله جامعه ما از پیچیدگی‌هایی برخوردار است که به طورحتم باید تدارکات مالی آن به موقع انجام شود، بنابراین در حوزه دارو نمی‌توان منتظر ماند تا پس از اتمام موجودی‌ها، ثبت سفارش مواد اولیه آن صورت گیرد؛ ازاین رو عمده مشکلات حال حاضر در حوزه دارو عدم تامین مالی به موقع است.»
او با بیان این‌که با وضعیت فعلی بدهی بیمه‌ها شرایط بحرانی در حوزه دارو قابل پیش بینی بود، تصریح کرد: «سازمان‌های بیمه‌گر دچار مشکلات بسیاری هستند، یعنی عدم پرداخت بدهی‌ها ازسوی بیمه‌ها و عدم دریافت طلب بیمارستان‌ها با تاخیرهای چند ماهه حوزه دارو را نیز با مشکل روبه رو کرده است؛ البته اقدامات مقطعی تا مدتی مشکلات را حل می‌کند، به عنوان مثال سال گذشته ۸هزار میلیارد تومان برای بیمه سلامت در سوی مجلس ازطریق متمم بودجه سال ۹۵ در نظرگرفته شد.»

به گفته امینی‌فرد، کمیسیون بهداشت و درمان و وزارت بهداشت به دنبال راهکاری است که مسائل را برابر قانون برنامه ششم مورد توجه قرار دهد و برای حل این مشکلات همکاری وزارت رفاه و تامین اجتماعی نیز ضروری است.
چندی پیش همایون هاشمی، عضو کمیسیون بهداشت و درمان در مجلس شورای اسلای برای حل مشکل بدهی بیمه‌ها به مراکزدرمانی و مطالبات مراکز پخش دارو و تجهیزات پزشکی راهکاری را ارائه داد. به گفته او«برای حل این مشکل، رییس جمهوری باید برای پایداری منابع اجرای طرح تحول  از ابتدای شروع به کار دولت دوازدهم راهکار اساسی در نظر بگیرد؛ یعنی سرانه منطقی تعریف کرده و از سویی اجرای دستورالعمل را تکمیل کند، زیرا اجرای آن‌ها  به عنوان یک چراغ راهنما هزینه‌های حوزه بهداشت و درمان را کاهش می‌دهد.
هاشمی دراین خصوص گفت: «برای کاهش بدهی بیمه‌ها به مراکز درمانی می توان اقدامات بسیاری را انجام داد، البته ازماه‌ها قبل هشدارهای لازم نسبت به افزایش بدهی‌ها  و مطالبات مراکزدرمانی ازبیمه‌ها داده شد؛ اما اتفاق قابل قبولی دراین خصوص صورت نگرفته است، البته رییس سازمان برنامه و بودجه باید برای تعیین تکلیف سریع‌تر این موضوع تدابیرلازم را اتخاذ کند، زیرا بسیاری ازمراکز پخش محصولات بهداشتی و درمانی شرایط نامناسبی داشته و روبه تعطیلی هستند.»
هاشمی با اشاره به این‌که کمیته غذا و دارو کمیسیون بهداشت و درمان مجلس درطی هفته‌های آینده با همکاری‌های مرکزپژوهش‌های مجلس موضوع بدهی بیمه‌ها را بررسی می کند،گفت: «مجلس تنها می‌تواند این مشکل را آسیب شناسی کند و دولت باید راهکارعملی را برای رفع این مشکلات پیشنهاد دهد، بنابراین دولت باید به جد مشکلات بیمه‌ها و بدهی‌ها را تعیین تکلیف کرده و منابع لازم را دراختیار وزارت بهداشت برای پرداخت بدهی‌ها به مراکز پخش دارو تجهیزات پزشکی قرار دهد.»

بر اساس آمار منتشرشده، هم اکنون بالغ بر۹ هزار میلیارد تومان مراکز دارویی و تجهیزات پزشکی  از بیمارستان‌ها و مراکزدرمانی طلبکارند.