در پی تاسیس حکومت اسلامی در ایران به رهبری عده‌ای از روحانیان حوزه علمیه قم، همواره این پرسش مطرح بوده که آیا این رخداد به سود حوزه‌های علمیه است یا به زیان آنها تمام شده است.

حوزه‌های علمیه در ایران به ویژه حوزه قم، بدون شک از منافع مادی بسیاری از جمله تامین برخی بودجه‌ها و برخورداری از بیمه و امتیازات مادی دیگر برخوردار شده‌اند. اما در مقابل، این حوزه‌ها استقلال خود را تا اندازه بسیار زیادی از دست داده و عملا امکان انتقاد آزاد از نظام‌های سیاسی را که قبل از جمهوری اسلامی و در طول تقریبا همه نظام‌های سیاسی سابق داشته‌اند، از دست داده‌اند.

اکنون و از زمان سقوط نظام بعث در عراق، تلاش مستمری از سوی نهادهای سیاسی مختلف در نظام جمهوری اسلامی صورت می‌گیرد تا نفوذش در حوزه علمیه نجف نیز گسترش یافته و عملا کنترل این حوزه نیز به دست نظام ولایت فقیه بیفتد. با این حال، مقاومت روحانیت سنتی در نجف تاکنون مانع از تحقق این هدف بوده است.

در پی دیدار آیت‌الله سید موسی شبیری زنجانی با سید محمد خاتمی، رئیس جمهور سابق و تعدادی دیگر از چهره‌های اصلاح‌طلب، آیت‌الله محمد یزدی، دبیر جامعه مدرسین حوزه علمیه قم نامه‌ای سرگشاده به او منتشر کرده و این عمل آیت‌الله زنجانی را مورد انتقاد قرار داد. در پایان نامه نیز با لحنی تهدیدآمیز به او گفت: «یادآور می‌شوم مقام و احترام شما در سایه احترام به نظام اسلامی حاکم، رهبری و شان مرجعیت است، پس لازم است این احترام و شئون مرجعیت را رعایت فرموده و ترتیبی اتخاذ فرمایید این‌گونه مسائل دیگر تکرار نگردد.»

این ماجرا، واکنش‌های تندی از جانب حوزویان در قم پدید آورده و نگرانی‌هایی از حکومتی شدن روحانیت و مرجعیت ایجاد و پرسش‌های متعددی درباره استقلال حوزه‌ها و مراجع مطرح کرده است.

در یکی از این واکنش‌ها، آیت‌الله محمد عندلیب همدانی، از اعضای جامعه مدرسین در نامه‌ای به آیت‌الله یزدی از این جامعه استعفا داد. او دلیل استعفای خود را نگرانی از زوال استقلال حوزه‌ها و مراجع تقلید یاد کرد و نوشت: «نامه حضرتعالی به محضر مبارک مرجع بزرگوار شیعه حضرت آیت‌الله العظمی شبیری زنجانی دامت برکاته هر گونه تردیدی را که  تاکنون درباره ادامه عضویت در آن جامعه محترم داشتم، مرتفع کرد. چه اینکه به این نتیجه قطعی رسیدم که تفسیر من از استقلال حوزه و جایگاه رفیع مرجعیت با دیدگاه جنابعالی و همفکران شما در جامعه محترم مدرسین هیچگونه هماهنگی ندارد و عملا امکان همکاری وجود ندارد و لذا از ادامه عضویت در آن جامعه معذورم.»

واقعیت آن است که استقلال حوزه‌ها و عملکرد مراجع تقلید از آغاز پیروزی انقلاب اسلامی و تاسیس نظام ولایت‌فقیه به طور بارز و رو به افزونی محدود شده است. مراجع تقلید در دوره پیش از انقلاب از مصونیت قضایی برخوردار بوده و در نتیجه آنها به هنگام صلاحدید و بدون نگرانی از پیگرد قضایی یا مضایقت سیاسی، نظام شاه را مورد انتقاد‌های گاه سخت و تند خود قرار می‌دادند. پشتوانه اجتماعی مراجع نیز مانع مهم دیگری در برابر نظام سیاسی و نیروهای امنیتی بود که به مراجع تعرض نشان دهند.

این در حالی است که نظام ولایت فقیه با جمع مشروعیت دینی و سیاسی در یک نهاد واحد، توانایی مقابله با مراجع معترض را یافته و عملا مانع ظهور هر گونه صدای نقد جدی از درون حوزه‌ها شده است. به علاوه، سیاسی شدن دین در ایران به کاهش نفوذ حوزه‌ها و مراجع در بین طبقات اجتماعی انجامیده و پایگاه اجتماعی روحانیان به طور قابل ملاحظه‌ای تضعیف شده است.

بررسی سیر انتقادات مراجع و روحانیان بارز حوزه قم از نظام سیاسی ولی فقیه نشان می‌دهد که این نظام رواداری بسیار کمی نسبت به این انتقادات نشان داده و غالبا منتقدان را به شکل شدیدی منزوی یا از صحنه بیرون کرده است.

مقابله با آیت‌الله سید کاظم شریعتمداری یکی از نخستین و بارزترین برخوردهای نظام ولایت فقیه با مراجع منتقد بود. شریعتمداری پس از انتقاداتش به صلاحیت‌های گسترده ولی فقیه در قانون اساسی جدید جمهوری اسلامی، مبغوض نظام سیاسی شد و به تدریج تنگناهای متعددی برای او ایجاد شد تا آن که سرانجام پس از کودتای نوژه، از سوی نظام به پشتیبانی از این کودتا متهم شد و بدون محاکمه یا ارائه دلایل، به حصر خانگی گرفتار و توسط جامعه مدرسین حوزه علمیه قم از مقام مرجعیت عزل شد.

شریعتمداری در سال ۱۳۶۰ طی نامه‌ای به آیت‌الله خمینی از مضایقات پیش‌آمده شکایت کرد و از او خواست که از صلاحیت‌هایش برای بهبود اوضاع او و خانواده‌اش استفاده کند. آیت‌الله خمینی درخواست‌های او را اجابت نکرده و آنها را بی‌پاسخ گذاشت.

در بخشی از نامه او چنین آمده است: «همين‌قدر بگويم که کارد به استخوان رسيده است! ... خانواده و بچه‌ها و نوه‌ها نالان و گريان، در حال اضطراب و ناراحتی کامل به سرمی‌برند و خود حقير مبتلا به مرض مهمی هستم که معلوم نيست بالاخره نجات حاصل شود؛ اغلب خونريزی مفصلی دارد که خود آن ممکن است باعث خطراتی شود و دائما با دکتر و دوا و پرستار مشغول بودم و اکنون با اين سخت‌گيری فوق‌العاده نسبت به رفت و آمد که حتی خويشان نزديک هم مجاز نيستند، ادامه معالجه ممکن نیست و معلوم نيست عاقبت چه خواهد شد اکنون، شما را قسم می‌دهم به خدای لايزال و ارواح رسول اکرم و ائمه طاهرين و به روابط حسنه پنجاه‌ ساله و ارادت قبلی که ادامه دارد، توجه فوری به حال ما بفرماييد و زکات قدرت و مقام را در اين موقع، ادا فرماييد! ... اگر مقصود بی‌آبرو کردن بوده، به‌کلی حاصل گرديد و اگر مقصود سلب مرجعیّت است، به مقصود رسيدند.»

شریعتمداری در ادامه نامه خود از هر گونه خطای احتمالی نیز پوزش طلبیده و درخواست مرحمت از سوی رهبر سابق جمهوری اسلامی می‌کند: «مع‌ذالک، اگر قصور و تقصيری شده است که اطلاع نداده‌ام، استغفار می‌کنم و معذرت می‌خواهم و انشاءالله تعالی ديگر مشابه اين واقع نخواهد شد. در آينده منتظر دستورات جناب‌عالی در هر موردی که لازم باشد هستم که اطاعت شود. اولا، حقير در اين مدت، نسبت به شخص جناب‌عالی و مقام شامخی که داريد، وفادار بوده و هيچ مخالفتی نکرده ‌ام و نخواهم کرد و انتقادهايی که از بعضی از گروه‌ها داشتم، موجب سوءِتفاهم قرار دادند. اين‌جانب در ختيار جناب‌عالی هستم و هر امر و فرمايشی باشد، اطاعت کامل خواهم کرد، ولی به‌ طوری‌که معروض شد که کارد به استخوان رسيده است، الغوث، الغوث، منتظر مراحم هستم که به‌ وسيل مطمئنی اجابت آن‌ها را اعلام فرماييد. اطال الله بقائکم والسلام عليکم و رحمته الله.»

ایجاد محدودیت نسبت به روحانیان قم و تلاش در کنترل فضای حوزه و خاموش کردن صداهای معترض به آیت‌الله شریعتمداری محدود نمی‌شود؛ نمونه بارز دیگر آیت‌الله سید رضا صدر است که پس از تلاش برای خواندن نماز میت بر جنازه شریعتمداری که بنا به وصیت خودش بوده، به زندان اداره اطلاعات قم انداخته شده و بازجویی سختی با او صورت گرفته و پس از آن محدودیت‌های بسیار برای ایشان ایجاد می‌شود. او شرح ماجرای به زندان رفتن و بازجویی و محدودیت‌های بعدی را در رساله مفصلی بیان کرده که به همت محسن کدیور منتشر شده است. در بخشی از این رساله آمده است که «تفاوتى كه ميان حكومت امروز و حكومت شاه موجود است، آن است كه هر چه امروز می‌شود به نام اسلام است ولی آن چه در زمان شاه می‌شد به نام اسلام نبود».

در جای دیگری از رساله، او در جواب پرسش بازجو که چرا در مجالس و مراسم حمایت از جمهوری اسلامی شرکت نمی‌کند می‌گوید:

«چون من با جمهورى اسلامى مخالف بودم، و شركت من در اين مجالس تایيد از آن بود، لذا شركت نكردم. باور كنيد كه مخالفت خود را با جمهورى اسلامى پيش از رفراندم با آقاى خمينى در ميان نهادم و گفتم: حاج آقا، من با جمهورى اسلامى مخالفم. پرسيد: مخالفى؟ گفتم: آرى. پرسيد: چرا؟ گفتم: حكومت‌‏هاى جهان هر شكلى كه دارند، ديكتاتورى سياه يا سرخ، دموكراسى، تک حزبى و يا چند حزبى، نمی‌توانند همه افراد ملت را راضى نگه دارند، و فاقد چنين قدرتى هستند. جمهورى اسلامى به هر شكلى كه در آينده حكومت كند ناراضی بسيار خواهد داشت، و اين‌ها از اسلام ناراضى خواهند شد پس جمهورى اسلامى به زیان اسلام است. پاكستان اين كار را كرد، حكومت سعودى ادعا می‌كند حكومتش اسلامى است.»

ده‌ها نمونه بارز دیگر از ایجاد محدودیت و تلاش در از میان بردن منتقدان حوزوی و کنترل فضای حوزه قابل ذکر است که از گنجایش این مقاله خارج است. آیت‌الله منتظری، آیت‌الله آذری قمی، آیت‌الله جویباری رستگاری، آیت‌الله صانعی، آیت‌الله سید محمد شیرازی، آیت‌الله سید محمد روحانی نام‌های محدودی از لیست بلند روحانیان حوزه قم هستند که مورد تعرض و محدودیت نظام جمهوری اسلامی قرار گرفتند.

نظام جمهوری اسلامی در واقع با سازماندهی مدیریت حوزه علمیه قم و درج نهادهای وابسته مشخصی درون آن، به طور کاملا سازماندهی‌شده‌ای به اعمال کنترل و مقابله با صداهای معترض درون آن می‌پردازد. جامعه مدرسین قم اولین سازمان ایجاد شده توسط جمهوری اسلامی برای کنترل فضای سیاسی حوزه قم بود که در مناسبت‌های مختلفی از جمله خلع آیت‌الله شریعتمداری از مرجعیت و افزودن نام آیت‌الله خامنه‌ای به فهرست مراجع با موفقیت بسیار به اهداف خود عمل کرده است.

دادگاه ویژه روحانیت از مراکز مهم دیگری است که زمینه محاکمه روحانیان معترض را در فضایی به دور از رسانه‌ها و افکار عمومی و بدون گذر از مراحل قانونی فراهم می‌آورد. مرکز آمار حوزه نیز از نهاد‌های مهم کنترلی دیگر است که عملا زیر نظر اداره اطلاعات بوده و وظیفه کنترل روحانیان و طلاب را داشته و اختیارات و صلاحیت ممانعت از معمم شدن برخی طلاب و یا خلع عمامه آنها و یا حتی اخراج از حوزه را دارد.

در چنین فضایی، روحانیان منتقد عملا امکان اداره معیشت خود و ادامه فعالیت خود را نداشته و ناگزیر به پرهیز از انتقاد و یا محدود شدن و خارج شدن از فضای حوزه خواهند بود.

گسترش نفوذ سیاسی نظام جمهوری اسلامی در فضای حوزه نجف نیز با شدت فراوان در خلال سال‌های پس از ۲۰۰۳ دنبال شده است. افتتاح دفتر آیت‌الله خامنه‌ای و توزیع شهریه به طلاب و برگزاری دوره‌های مختلف آموزشی و پرورشی برای طلاب که با هدف ترویج ایده ولایت‌فقیه و مبانی دیگر نظام جمهوری اسلامی صورت می‌گیرد از جمله این اقدام‌ها است. هر چند این تلاش‌ها عملا به دلیل مقاومت ساختار اجتماعی حوزه نجف و ایدئولوژی متفاوت آیت‌الله سیستانی تا کنون با موفقیت کمی مواجه بوده است اما در آینده و در صورت خالی شدن حوزه نجف از وجود آیت‌الله سیستانی، امکان موفقیت تدریجی این تلاش‌ها در دراز مدت وجود دارد. این امر عملا نه تنها هدف بنیانگذاران جمهوری اسلامی در دینی کردن سیاست را محقق نخواهد کرد، بلکه در نقطه مقابل به سیاسی شدن دین و نهادهای دینی در جامعه و غلبه اراده سیاسی بر آنها خواهد انجامید.