شیرین عبادی، حقوق‌دان و مدیر کانون حقوق بشر نسبت به نتایج و پیامدهای فرمان آتش‌به‌اختیار واکنش نشان داده و نسبت به ایجاد اغتشاش و هرج و مرج در جامعه و زیرپا گذاشتن قوانین موضوعه کشورهشدار داده است. او روز پنجشنبه ۳۱ خرداد  در مصاحبه با کمپین حقوق بشر در ایران گفت: «فرمان آتش‌به‌اختیار، شلیک به قانون است و قانون شکنی و زیرپا نهادن حقوق شهروندان از اولین تبعات چنین فرمانی است.»

برنده جایزه صلح نوبل سال ۲۰۰۳ همچنین تصریح کرد: «فرمان آتش‌به‌اختیار از سوی رهبر جمهوری اسلامی در حالی اخیرا به صورت علنی صادر شده که در سال‌ها پیش چنین فرمانی به صورت غیرعلنی و در خفا وجود داشت.» شیرین عبادی، قتل‌های زنجیره‌ای، قتل تعدادی از بهائیان ایران، اسیدپاشی‌های اصفهان، قتل‌های سریالی زنان در مشهد را از جمله نمونه‌های بارز نتایج فرمان آتش‌به‌اختیار برشمرده است.

این حقوق‌دان فرمان آتش‌به‌اختیار را نادیده گرفتن قانون می‌داند و توضیح می‌دهد: «آتش‌به‌اختیار به این معنا است که عده‌ای می توانند خود را فراتر از قانون ببینند و قانون را دور بزنند و از آنجا که نوعا، آتش‌به‌اختیار قائل به عملکردهای فیزیکی است، بنابراین قانون آئین‌دارسی‌مدنی و قانون‌مجازات‌اسلامی زیر‌پا گذاشته خواهد شد؛ هرچند خود قانون مجازات اسلامی هم، چنین بی‌عدالتی آشکاری را قبلا مجوز داده است. طبق قانونی که بعد از انقلاب به تصویب رسید در قانون مجازات اسلامی اینطور قید شده اگر کسی دیگری را به ادعای مهدورالدم بودن به قتل برساند و بتواند این را در دادگاه به اثبات برساند از هرنوع مجازات و قصاص و دیه معاف است.»
خانم عبادی گفت: «هرچند رهبر این حرف را به تازگی زده اما عملا از سالیان قبل چنین فرمانی بوده و عمل هم می‌شد. افرادی بودند که خود را فراتر از قانون می‌دانستند و حسب تکلیف شرعی که برای خودشان قائل بودند عمل می‌کردند.  می‌توان به اسیدپاشی به زنان در اصفهان اشاره کرد که تعدادی زن به صرف اینکه از دید عده‌ای بدحجاب بوده اند، مورد حمله با اسید قرار گرفتند یا قتل‌های سریالی در مشهد که شخصی عنوان می‌کرد این زنان لیاقت زندگی را ندارند و کشته شده‌اند.»
در مهرماه سال ۹۳، چهار زن در اصفهان با اسیدپاشی افراد ناشناس، با صدمات جبران ناپذیری مواجه شدند. اما از آن زمان تاکنون مسببین این حملات توسط مقامات انتظامی شناسایی نشده‌اند.

شیرین عبادی که وکیل خانواده‌های مقتولان قتل‌های زنجیره‌ای بود درباره آمرین و عاملین این پرونده گفت: «در این سری از قتل‌ها برای قتل ۴ نفر پروانه و داریوش فروهر، محمد مختاری و محمدجعفر پوینده چون سر و صدای زیادی شده بود با اصرار آقای خاتمی مساله مطرح و دادرسی برای عاملین قتل‌ها شروع شد. تمام افراد متهم در این پرونده، از مأمورین رسمی و عالی‌مقام وزارت اطلاعات بودند و بارها و بارها اعلام کردند که دستور از وزیر داشتند. قرائن پرونده این‌ها را نشان می‌داد از جمله کسی که داریوش و پروانه فروهر را کشته بود در پرونده کتبا بارها اعلام کرده بود که چرا می‌گویید من مرتکب قتل شده‌ام؟ طبق دستور وزارت عمل کرده‌ام و شما بروید فیش حقوق من را نگاه کنید چون عملیات در ساعت ۱۱ شب صورت گرفته بود  به من اضافه حقوق هم دادید خجالت نمی‌کشید مرا به عنوان قاتل محاکمه می‌کنید؟»
به گفته خانم عبادی «برای اینکه رشته تحقیقات به بالا قطع شود ارشدترین عضو گروه یعنی سعید امامی به طرز مشکوکی از بین رفت که حتی الان سنگ قبر او را هم عوض کرده و نام شهید بر او گذاشته‌اند. او کشته شد تا آتش‌به‌اختیار بودن علنی نشود و الان آتش‌به‌اختیار بودن علنی شده. با آتش‌به‌اختیار بودن هم قانون دور زده می‌شود  و قوانین نادیده گرفته می شود و هم اینکه نتیجه این کار ایجاد هرج و مرج و اغتشاش در جامعه است. اگر عده‌ای آتش به اختیار باشند، متقابلا گروه مقابل هم می‌تواند پیروان خود را آتش‌به‌اختیار اعلام کند این چیزی جز هرج و مرج و برهم خوردن نظم اجتماع نیست.»

داريوش فروهر، رهبر حزب ملت ایران، و همسرش، پروانه اسکندری، محمد مختاری، نویسنده، شاعر و عضو هیات دبیران کانون نویسندگان ایران و نیز محمد جعفر پوینده مترجم و عضو کانون نویسندگان ایران، در پاییز ۷۷ کشته شدند. وزارت اطلاعات ایران «عناصر خودسر» در این وزارتخانه را مسئول قتل این افراد اعلام کرد که این اقدام به قتل‌های زنجیره‌ای مشهور شد.

رهبر جمهوری اسلامی روزچهارشنبه ۱۷ خرداد ماه در سخنانی با انتقاد از عملکرد فرهنگی دولت حسن روحانی گفت: «گاهی دستگاه‌های مرکزی فکر، فرهنگ و سیاست، دچار اختلال و تعطیلی می‌شوند که در این وضعیت، باید افسران جنگ نرم، با شناخت وظیفه خود، به صورت آتش‌به‌اختیار، تصمیم‌گیری و اقدام کنند.» توصیه ای که واکنش‌های بسیاری بدنبال داشت. منتقدان آن‌را ترویج قانون شکنی یا رواج خشونت خواندند و نسبت به عواقب و پیامدهای آن هشدار دادند و مدافعان آن‌را استقلال رأی توصیف کردند و گفتند منظور رهبر، صرفا اقدامات فرهنگی بوده است.