غلامحسین غیب‌پرور، فرمانده نیروهای بسیج ایران، روز پنج‌شنبه ۱۵ تیرماه، در سخنانی تضعیف سپاه پاسداران و بسیج را «گناه نابخشودنی» خواند و گفت : نمی‌توان باور کرد که تضعیف این دو نهاد از روی «سهو و غفلت» انجام می‌شود.

به گزارش خبرگزاری فارس، فرمانده بسیج تلویحا از حسن روحانی انتقاد کرد و افزود:«در حالی که دشمنان نشان‌دار سپاه در آمریکا، اروپا و عربستان در حال هجمه و اهانت به سپاه هستند، بسیار تعجب‌برانگیز است که برخی نیز در داخل سپاه را آماج حملات خود قرار داده‌اند.»

فرمانده بسیج اظهارات حسن روحانی مبنی بر «تفنگدار» بودن سپاه را تقلیدی از عبارت «چماق‌دار» خواند که برخی مخالفان جمهوری اسلامی در سال‌های اول پس از پیروزی انقلاب اسلامی به‌کار می‌برند و افزود: برخی لفظ «چماق‌دار» را به «تفنگدار» تغییر داده‌اند.

این مقام نظامی تصریح کرد: «حمله موشکی سپاه به تروریست‌ها و دشمنان مردم ایران باعث به رخ کشیده شدن اقتدار جمهوری اسلامی ایران گردید و هم‌زمانی افزایش تخریب سپاه با این رویداد سؤال برانگیز است.»
حسن روحانی روز اول تیرماه از فعالیت‌های سپاه پاسداران به‌طور تلویحی انتقاد کرد و گفت که اقتصاد کشور از دست دولت بی‌تفنگ به دست دولت باتفنگ داده شد و «کسی جرأت ندارد با آنها رقابت کند». او فعالیت‌های انحصاری این نهاد نظامی در بخش‌‌های حیاتی و مهم اقتصادی را مانع اصلی خصوصی‌سازی اقتصاد خوانده بود.

محمدعلی جعفری، فرمانده سپاه پاسداران، سخنان حسن روحانی را «بی‌انصافی» خواند و گفت: دولت «بدون تفنگ توسط دشمنان تحقیر و تسلیم» می‌شود.

۹ تیرماه نیز علی سعیدی، نماینده آیت‌الله خامنه‌ای در سپاه پاسداران، از سخنان حسن روحانی انتقاد کرد و گفت: «هم آمریکا به سپاه حمله می‌کند، هم برخی خودی‌ها به سپاه حمله می‌کنند».
همزمان غلامحسین محسنی اژه‌ای، سخنگوی قوه قضاییه، نسبت به «تخریب‌‌های» صورت گرفته علیه سپاه، بسیج و قوه قضاییه ابراز نگرانی و پیش‌بینی کرد که «فتنه جدیدی در راه است».

علاوه بر مجادله‌های سپاه و دولت روحانی بر سر فعالیت‌‌های اقتصادی سپاه، قوه مجریه و سپاه پاسداران به تازگی بر سر چگونگی صدور مجوز حمله موشکی به مواضع داعش در سوریه مجادله لفظی داشتند. در حالیکه دولت روحانی اقدام به حمله موشکی علیه مراکز داعش در دیرالزور سوریه را تصمیم شورای عالی امنیت ملی خواند، سپاه پاسداران آن‌را اقدام خود خواند که به دستور آیت‌الله خامنه‌ای انجام شد.

در هفته‌های اخیر فضای سیاسی ایران به‌دنبال انتقادهای آیت‌الله خامنه‌ای و حامیانش از حسن روحانی تندتر شده است. حملات مکرر لفظی آیت‌الله خامنه‌ای از حسن روحانی در موضوعات مختلف از جمله سند ۲۰۳۰، مقایسه حسن روحانی با ابوالحسن بنی‌صدر، حمله به سیاست‌های فرهنگی دولت و صدور فرمان آتش‌به‌اختیار به افسران جنگ نرم، واکنش تند هواداران رهبر جمهوری اسلامی به حسن روحانی را در پی داشت که در جریان راهپیمایی روز قدس وی را هدف شعارهای تند قرار دادند.

آیت‌الله خامنه‌ای پس از آن تلاش کرد تا از دامنه تنش‌ها بکاهد و روز دوشنبه ۵ تیر در خطبه‌های نماز عید فطر درباره اصطلاح آتش‌به‌اختیار توضیح داد که منظور از این فرمان «فحاشی و بی‌قانونی» نیست.