اسفندیار رحیم مشایی، مشاور محمود احمدی نژاد مدعی شده که حمید بقایی با دستور آیت الله خامنه ای، رهبر جمهوری اسلامی ایران آزاد شده است.

او در نامه ای سرگشاده ای که در سایت دولت بهار منتشر گردیده خطاب به غلامحسین محسنی اژه‌ای، سخنگوی قوه قضائیه نوشته است : "جناب آقای بقایی با شکایت دولت یازدهم بازداشت می شود و در حالی که با توجه به موضوع شکایت هیچ نیازی به بازداشت نبود، ۲۲۵ روز در بازداشت به سر برده است و سرانجام بدون کیفرخواست و بدون وثیقه و بر اساس دستور مقام معظم رهبری آزاد شد و اینکه جنابعالی از دستور معظم له اظهار بی اطلاعی کردید نیز یک نقطه ضعف برای آن مقام مسئول است."

محمود احمدی نژاد علیرغم توصیه رهبر جمهوری اسلامی مبنی بر عدم حضور در انتخابات پیش رو هم‌زمان با حمید بقایی نامزد مورد حمایتش در انتخابات ثبت نام کرد که با انتقادهای کم سابقه ای رو به شد.

حمید بقایی، معاون پیشین محمود احمدی نژاد هم خرداد ماه ۹۴  به اتهام اختلاس بازداشت و ۶ ماه بعد در دی‌ماه همان سال آزاد شد.

غلامحسنی محسنی اژه ای، سخنگوی قوه قضائیه از مفتوح بودن پرونده های قضایی محمود احمدی نژاد و حمید بقایی خبر داده و گفته  پرونده آقای احمدی نژاد به طور مستقیم وارد دادگاه شده  و همچنان مفتوح و در حال رسیدگی است و هنوز حکمی در رابطه با آن صادر نشده است.