آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، ساعاتی پس از کشته شدن قاسم سلیمانی در بغداد، با صدور حکمی، اسماعیل قاآنی را به‌عنوان فرمانده جدید نیروی «قدس» سپاه پاسداران منصوب کرد.

خامنه‌ای در این حکم، قاآنی را «در شمار برجسته‌ترین فرماندهان سپاه» معرفی کرد و از او خواست در سمت جدید، برنامه‌های قاسم سلیمانی در نیروی قدس را «عینا» ادامه دهد.

قاآنی سال‌ها معاون قاسم سلیمانی در نیروی قدس سپاه پاسداران بود، فرماندهی که در مشهد به دنیا آمد و اواخر سال ۱۳۵۸، زمانی که فقط ۲۰ سال داشت، به عضویت این نیروی نظامی درآمد.

او پس از مدت کوتاهی، در اوایل سال ۱۳۵۹، به تهران آمد و در پادگان سعد‌آباد، که نام کنونی‌اش پادگان امام علی است، آموزش نظامی دید.

محمد‌مهدی خادم‌الشریعه، موسس تیپ ۲۱ امام رضا، و ولی‌الله چراغچی، جانشین فرمانده همین تیپ، در این آموزش‌های نظامی هم‌دوره قاآنی بودند.

قاآنی پس از پایان آموزش‌های نظامی، به شهر مشهد بازگشت و در یکی از مراکز آموزش سپاه پاسداران به‌عنوان «نیروی کادری» مشغول به کار شد.

او پس از مدتی، در اواسط سال ۱۳۵۹، در پی بروز برخی ناآرامی‌ها و درگیری‌ها در استان کردستان، به این منطقه اعزام شد.

گزارش‌ها حکایت از آن دارد که قاآنی از سال ۱۳۶۰ تا پایان جنگ عراق و ایران، در جبهه حضور داشت و تصاویر متعددی از او در مناطق جنگی منتشر شده است.

او در هشت سال جنگ، فرماندهی لشکر ۵ نصر و تیپ امام رضا را هم در مقاطعی بر عهده داشت و مسئولیت برخی از گردان‌های نظامی استان خراسان را نیز عهده‌دار بود.

قاآنی در سال ۱۳۶۱ با قاسم سلیمانی آشنا شد و  همین آشنایی به آغاز همکاری‌ مشترک او با سلیمانی در نیروی قدس سپاه پاسداران منجر شد.

سردار قاآنی پیش از آن‌که معاون سلیمانی در نیروی قدس شود، مدتی معاون اطلاعات ستاد مشترک سپاه پاسداران بود.

در تحقیقی که موسسه «امریکن انترپرایز» درباره زندگی‌ و فعالیت‌های قاآنی منتشر کرده، آمده است محسن رضایی، فرمانده وقت سپاه پاسداران در سال ۱۳۶۶، قاآنی را به قائم‌مقامی واحد هشتم عملیاتی نیروی زمینی سپاه پاسداران مشهد منصوب کرده بود.

این موسسه اسماعیل قاآنی را یکی از فرماندهان سپاه پاسداران در سرکوب اعتراض‌های سال ۱۳۷۰ مشهد معرفی کرده است.

قاآنی همچنین یکی از فرماندهان سپاه پاسداران بود که در سال ۱۳۷۰، در حمایت سپاه پاسداران از «جبهه‌ متحد اسلامی ملی برای نجات افغانستان» در مقابل نیرو‌های طالبان نقش داشت.

اسماعیل قاآنی، برخلاف قاسم سلیمانی، از اظهار‌نظر و موضع‌گیری در امور سیاست داخلی ابایی ندارد و سخنرانی‌ها و موضع‌گیری‌های سیاسی تند او علیه برخی جریان‌های سیاسی در دسترس است.

یکی از صریح‌ترین این موضع‌گیری‌ها مربوط به نامه ۲۴ فرمانده ارشد سپاه پاسداران در سال ۱۳۷۸ به محمد خاتمی، رییس‌جمهوری وقت ایران، بود که اسماعیل قاآنی نیز یکی از امضا‌کنندگان آن بود.

فرماندهان سپاه پاسداران در این نامه، که قاسم سلیمانی نیز آن را امضا کرده بود، با انتقاد از سیاست خاتمی در برخورد با حوادث کوی دانشگاه تهران و مسائل پیش‌آمده پس از آن، نوشته بودند که «كاسه‌ صبرمان به پايان رسيده و تحمل بيش از آن را در صورت عدم رسیدگی، بر خود جايز نمی‌دانيم».

در آن زمان، گروهی این نامه را به تهدید سپاه پاسداران به «کودتا» علیه دولت وقت تعبیر کردند، اما محافظه‌کاران بر این باور بودند که این نامه باعث پایان اعتراض‌های دانشجویی و خیابانی آن سال شد.

در دی‌ماه سال ۱۳۹۰، ۱۲ فرمانده سپاه پاسداران در مورد وقایع سال ۱۳۸۸ نامه‌ تندی خطاب به سردار حسین علایی نوشتند که نام اسماعیل قاآنی نیز میان آن‌ها دیده می‌شد.

سردار علایی، نخستین فرمانده نیروی دریایی سپاه پاسداران و رییس سابق ستاد مشترک سپاه پاسداران، در ۱۹ دی‌ماه سال ۱۳۹۰، با انتشار یادداشتی، از سرکوب معترضان به نتیجه انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۳۸۸ انتقاد کرده بود.

علایی در این یادداشت، با یادآوری برخی اقدام‌های شاه سابق ایران، نوشته بود که اقدام‌های او در نهایت، زمینه‌ساز سقوط و فرارش از کشور شد.

پنج روز بعد، گروهی از لباس‌شخصی‌ها مقابل خانه علایی تجمع کردند و شعار‌های تندی علیه او سر دادند، چرا که بر این باور بودند مخاطب این یادداشت سردار علایی، شخص آیت‌الله خامنه‌ای بوده است.

هم‌زمان با این تجمع، اسماعیل قاآنی و ۱۱ فرمانده سپاه پاسداران در نامه‌ای خطاب به حسین علایی، او را سرزنش کردند که چرا «با تیر زهرآلود قلم خویش» به آیت‌الله خامنه‌ای چنین «جفایی» روا کرده است.

از میان ۲۴ فرماندهی که به محمد خاتمی نامه نوشتند قاسم سلیمانی، احمد کاظمی، نورعلی شوشتری و حسین همدانی کشته شدند. حسین همدانی نامه ۱۲ فرمانده سپاه پاسداران به حسین علایی را نیز امضا کرده بود.