دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی با انتشار بیانیه‌ای از مصوبه مجلس برای افزایش سطح غنی‌سازی و توقف احتمالی اجرای پروتکل الحاقی تحت عنوان «‌اقدام راهبردی برای لغو تحریم‌ها» حمایت کرد و آن را به زیان مصالح ملی ندانست.

این دبیرخانه روز شنبه ۱۵ آذرماه با اعتراض به «مخدوش شدن» جایگاهش در سخنان برخی مقام‌های رسمی، گفت: «اجازه نخواهیم داد منافع و مصالح کشور بازیچه دست سیاست‌بازان قرار بگیرد.»

این بیانیه می‌تواند واکنشی به سخنان محمود واعظی، رییس دفتر رییس‌جمهوری ایران، باشد که گفته بود باید طرح مجلس در جلسه خود شورای عالی امنیت ملی مطرح می‌شد «وگرنه دبیرخانه چند کارمند هستند و هیچ نشانی ندارند».

دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی همچنین اعلام کرد که قانون افزایش غنی‌سازی و لغو اجرای پروتکل الحاقی «مساله خاصی به زیان مصالح ملی ایجاد نمی‌کند».

روز سه‌شنبه علی ربیعی، سخنگوی دولت، گفته بود که تصمیم‌گیری درباره برجام و فعالیت‌های هسته‌ای از اختیارات شورای عالی امنیت ملی است و مجلس حق دخالت در این موضوع را ندارد.

حسن روحانی نیز مصوبه مجلس را «مضر» خوانده بود.

با این حال، بیانیه دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی افزود: «برعکس، آنچه برخلاف مصالح ملی بوده و مورد نگرانی می‌باشد همین جنجال‌هاست که شان و جایگاه نهادهای قانونی کشور را مورد خدشه قرار داده و به وحدت و انسجام ملی خسارت وارد می‌کند.»

پیشتر، محمدحسین فرهنگی، سخنگوی هیات‌رییسه مجلس، گفته بود که درباره این طرح «بیش از دو ماه با دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی مذاکره شده است».

کیوان خسروی، سخنگوی دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی، هم گفته بود این دبیرخانه «ملاحظات مد نظر» را به مجلس اعلام کرده است.

با این حال محمود واعظی، رییس دفتر حسن روحانی، روز چهارشنبه  گفت که  دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی «به‌تنهایی جایگاهی ندارد و باید مقدمات کار را آماده کند تا در جلسه شورای عالی مطرح شود». 

او روز جمعه نیز تکرار کرده بود: «اعتبار دبیرخانه به این است که مطالبش در شورای عالی مطرح شود وگرنه دبیرخانه چند کارمند هستند و هیچ شانی ندارند، ضمن این‌که دبیرخانه ممکن است هماهنگی‌هایی را به صورت یواشکی انجام داده باشد، ولی اجازه از رییس‌جمهوری نگرفتند.»

این دبیرخانه در بیانیه خود اعلام کرد که قصد پاسخگویی به افرادی که به دنبال «گسترش و تداوم هیاهو و تخدیش نقش، جایگاه و عملکرد دبیرخانه هستند» را ندارد.

در این اطلاعیه همچنین اعلام شده که طرح مجلس در جلسه شورای عالی امنیت ملی مطرح شده و این شورا «ملاحظاتی» را درباره آن به عنوان مصوبه ابلاغ کرده است.

به گفته دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی، در این مصوبه از مجلس خواسته شده بود در بررسی و تدوین نهایی طرح با دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی و وزارت امور خارجه نیز تعامل و همفکری شود.

وزارت امور خارجه ایران با این مصوبه مجلس مخالفت کرده است.

در اطلاعیه دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی اعلام نشده که مصوبات این شورا در مصوبه مجلس رعایت شده است یا نه.

در این اطلاعیه تنها اعلام شده که «مراحل مختلف تدوین این طرح تا تصویب نهایی آن براساس روال و مقررات متعارف و قانونی مجلس انجام شده و دبیرخانه دخالتی در آن نداشته است.»

شورای نگهبان روز چهارشنبه این مصوبه مجلس را تایید کرد و محمدباقر قالیباف، رییس مجلس، شامگاه همان روز آن را برای اجرا به حسن روحانی ابلاغ کرد.