سخنگوی دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی اعلام کرد که علت وقوع حادثه نطنز برای نهادهای جمهوری اسلامی به صورت «دقیق» مشخص شده اما به دلیل «ملاحظات امنیتی» فعلا اعلام نمی‌شود.

کیوان خسروی روز جمعه گفت که «بررسی‌های فنی و امنیتی انجام شده از سوی دستگاه‌های ذیربط ،علت وقوع حادثه در مجتمع غنی‌سازی نطنز را به صورت دقیق مشخص کرده» است.

خسروی تاکید کرد که پس از بررسی «فرضیه‌های مختلف در مورد علت این رخداد» و  با بررسی «دقیق آثار، نحوه و میزان تخریب» ایجادشده، «علت اصلی حادثه مشخص شده است».

او در عین حال گفت: «به دلیل برخی ملاحظات امنیتی علت و چگونگی بروز این حادثه در زمان مناسب اعلام خواهد شد.»

پیش از این سخنان، غلامرضا جلالی، رییس سازمان پدافند غیر عامل ایران، اعلام کرده بود که اگر مشخص شود، این حادثه به دلیل حمله سایبری رخ داده، جمهوری اسلامی تلافی خواهد کرد.

ساعاتی پس از حادثه نطنز نیز در خبرگزاری رسمی دولت ایران یادداشتی منتشر شد که ضمن مطرح کردن احتمال نقش داشتن اسراییل در این حادثه اعلام کرده بود در صورت وجود نشانه‌هایی در این‌باره، باید «راهبرد مواجهه و مقابله با وضعیت جدید مورد تجدید نظر اساسی قرار بگیرد».

خبرگزاری رویترز هم نوشته بود که برخی کارشناسان احتمال خرابکاری در سایت نطنز را با توجه به اهمیت این سایت در برنامه هسته‌ای ایران رد نکرده‌اند. روزنامه نیویورک تایمز نیز گزارشی مشابهی را منتشر کرده است.

ده سال پیش نیز ویروس استاکس نت وارد این سایت شد و برنامه اتمی ایران را به تاخیر انداخت.

حادثه در نطنز یک هفته پس از انفجار در خجیر رخ داد.

داوود عبدی، سخنگوی وزارت دفاع جمهوری اسلامی دلیل اتفاق را انفجار ناشی از «نشت گاز» در منطقه عمومی پارچین خوانده بود.

با این حال، آسوشیتدپرس بر اساس تصاویر ماهواره‌ای و به نقل از کارشناسان نوشت به نظر می‌رسد این انفجار مربوط به تاسیسات «گروه صنعتی شهید باکری» در منطقه خجیر بوده است که سوخت جامد موشک تولید می‌کند.