مهدی کروبی دبیرکل حزب اعتمادملی طی نامه‌ای به محمد یزدی، نوشت نامه او خطاب به موسی شبیری زنجانی، از مراجع تقلید ساکن قم، باعث «هتک حرمت مرجعیت شیعه» شده است.

کروبی که به دلیل اعتراض به نتایج انتخابات ریاست‌جمهوری سال ۱۳۸۸ از بهمن ۱۳۸۹ در حصر خانگی است در این نامه از یزدی با عنوان «ناظر استصواب ملت ایران و حوزه‌های علمیه» نام برده و نوشته است که نامه اخیر محمد یزدی به بهانه دیدار شبیری زنجانی با محمد خاتمی «بخشی از همان پروژه استقلال‌زدایی حوزه و حاکمیت رعب و ترس در میان علما» است.

دبیرکل حزب اعتماد ملی در بخشی از نامه خود نوشت: «از اوایل دهه هفتاد قرارگاه‌هایی برای انجام خواسته‌های فراقانونی مراکز قدرت به نام امت خودجوش سامان داده شده است‌ و این قرارگاه‌ها روزی به اندک بهانه‌ای سخنرانی عالمی را برهم می‌زدند و روز دیگر به سفارت یا منزل منتقدین و دلسوزان واقعی کشور که سرانجام تلخ امروز را بارها انذار داده بودند حمله می‌کردند».

کروبی در نامه خود نوشت که یزدی «خواسته یا ناخواسته به یکی از فعالترین افراد این مرکز» تبدیل شده است که هدف آن‌ها «پروژه استقلال زدایی حوزه و حاکمیت رعب و ترس در میان علما» است، پروژه‌ای که به نوشته کروبی در زمان حمله به منزل و دفتر یوسف صانعی و حسینعلی منتظری هم رخ داده است.

نامه محمد یزدی به موسی شبیری زنجانی، پس از آن منتشر شد که تصاویری از دیدار شبیری زنجانی با محمد موسوی خوئینی، غلامحسین کرباسچی، محمد خاتمی، عبدالله نوری، عبدالمجید معادیخواه و تعدادی دیگر منتشر شد؛ دیداری که براساس گزارش‌ها در منزل عبدالله نوری برگزار شد.

رییس اسبق قوه‌قضاییه در نامه خود به انتقاد از دیدار این مرجع تقلید با «برخی افراد مساله‌دار که برای نظام جمهوری اسلامی و مقام معظم رهبری احترامی قائل نیستند»، پرداخته و نوشته بود: «مقام و احترام شما در سایه احترام به نظام اسلامی حاکم، رهبری و شان مرجعیت است، پس لازم است این احترام و شئون مرجعیت را رعایت فرموده و ترتیبی اتخاذ فرمایید این‌گونه مسائل دیگر تکرار نگردد.»

پیش از این، دفتر موسی شبیری زنجانی اعلام کرد که او یا دفترش «نظری درخصوص این نامه» ندارند و «طلاب و شاگردان ایشان، پاسخ می‌دهند».

هم‌زمان جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در بیانیه‌ای نوشت نامه محمد یزدی به شبیری زنجانی «از طرف شخص آیت الله یزدی بوده و نه به عنوان ریاست جامعه مدرسین». این بیانیه آورده است که توصیف نامه محمد یزدی با کلمه‌هایی چون «تحکم‌آمیز و آمرانه» بیش از هر چیز «ظلم» است.

جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در بیانیه خود با ابراز «تعجب» از واکنش «دولتیان» نوشت که «در این مورد قابلیت جواب برای آنها دیده نمی‌شود». براساس این بیانیه مجمع عمومی مدرسین حوزه علمیه قم «نامه حضرت آیت الله یزدی را در راستای صیانت و حراست از جایگاه والای مرجعیت و دفاع از نظام و ارزش‌های انقلاب اسلامی» می‌داند.

در بخشی از این بیانیه آمده است: «گروهی در پی بهانه‌ای برای زدودن غبار از چهره فتنه‌گران و فتنه انگیزان می‌باشند که متذکر می‌شود؛ شما حال و روز معیشت مردم، تورم، بیکاری و رکود شکننده را ببینید و خیال نکنید با حائل قرار دادن چنین مواردی، اذهان مردم شریف را از مسائل اصلی‌شان، معطوف و متوجه امر دیگری می‌کنید».

پیش از این وب‌سایت اصول‌گرای جهان‌نیوز هم در گزارشی مدعی شد که اعتراض‌های اخیر به نامه یزدی، در واقع تلاشی است برای بازگشت محمد خاتمی به عرصه سیاست در ایران. به عقیده نویسنده این گزارش، «طراحان این پروژه» بر این باورند که «الان وقت هیاهو برای احترام به نظرات برخی مراجع تقلید است که اگر فردا فرد محترمی در حوزه درخواستی- بازگشت امثال خاتمی به چارچوب نظام- را مطرح کرد، با سنگین‌شدن فضا دیگر نشود نظرش را نپذیرفت.»

گرچه شبیری زنجانی کمتر در مسایل سیاسی اظهارنظر می‌کند، اما در سال‌های اخیر، در مواردی چون درخواست آزادی علی شکوری‌راد از زندان و درخواست آزادی احمد منتظری پس از انتشار فایل صوتی ملاقات آیت‌الله منتظری با هیاتی که وظیفه بررسی وضعیت زندانیان در سال ۶۷ را داشت، از جمله این مواردند.

شبیری زنجانی همچنین ازجمله چهره‌هایی است که در زمان حصر حسین‌علی منتظری، به این مساله معترض بود و برای رفع آن تلاش کرد. او نخستین فردی بود که پس از رفع حصر، به ملاقات منتظری رفت. او تابستان سال ۸۸ نیز همراه با

موسوی‌اردبیلی به دیدار منتظری رفته بود.