رقابت میان مراجع شیعه بر سر اقتدار دینی و اجتماعی از دوران قاجار که نهاد مرجعیت با تمرکز منابع مالی و وسعت یافتن مدارس علمیه شکل گرفت و قدرت یافت همیشه در جریان بوده است. این تکثر قدرت در نهادهای دینی شیعه که از لبنان تا نجف و قم و مشهد و اصفهان و شیراز را در بر می گرفت به بسط قدرت روحانیون شیعه در عصری که حتی در میان دینداران نوعی واگرایی اقتدار دینی و اجتماعی حاکم بوده است یاری رساند.  

با ظهور خمینی و همفکران وی که از رقابت درونی روحانیون فراتر رفته و برای گرفتن سهم بزرگتری از قدرت اجتماعی و دینی به چالش قدرت سیاسی در دهه‌های چهل و پنجاه خورشیدی پرداختند دینامیک دیگری در رابطه‌ی میان باورمندان و رهبران دینی در شیعه از یک سو و رابطه ی میان خود روحانیون و مراجع از سوی دیگر شکل گرفت. خمینی و شاگردانش می دانستند که در چارچوب روابط سنتی شیعه آینده‌ای از حیث اقتدار اجتماعی نداشتند.  

در این پویایی جدید روحانیونی که باید آنها را اسلامگرا نامید (با زین کردن اسب قدرت برای سوار شدن به واسطه‌ی مشروعیت دینی و تبدیل اسلام به یک ایدئولوژی سیاسی) نخست راس هرم قدرت را نشانه رفتند. باز بودن فضا برای شکل دادن به شبکه‌های مذهبی در دوران پهلوی و تمرکز حکومت بر سرکوب نیروهای ملی و چپ در کنار هویتگرایی، بومیگرایی، شرقگرایی و معنویتگرایی روشنفکران مذهبی و سکولار این امکان را به روحانیت شیعه داد که کرسی‌های راس هرم قدرت را در سال 57 در کشوری با اکثریت شیعی به خود اختصاص دهد. سپس روحانیت شیعه‌ی اسلامگرا با اتحاد با بخشی از اسلامگرایان وفادار به خمینی همه‌ی همپیمانان سیاسی خود از طیف ملی- مذهبی‌ تا اسلامگرایان سوسیالیست را حذف کرد و قدرت را به تمامه از ان خود ساخت.  

اما این پایان ماجرا در رقابت بر سر مشروعیت دینی و اقتدار اجتماعی رهبران دینی نبود. ماشین دولت امکاناتی را در اختیار روحانی حاکم و وفادارانش (خواه مرجع در دوران خمینی وخواه غیر مرجع اما مدعی مرجعیت در دوران خامنه‌ای) قرار می داد که بسیار از روابط سنتی میان روحانیون در دوران ماقبل حکومت دینی فاصله داشت. منابع دولتی، دیوانسالاری اداری، قوای قهریه و اهرم‌های فشار دولتی ولی فقیه را در موقعیتی استثنایی از حیث اعمال نظر خود بر روحانیون قرار می داد که با انواع هویج و چماق آنها را مجبور به واگذاری حیطه‌های قدرت اجتماعی و دینی خود می ساخت.  

بسیاری از مراجع شیعه با خمینی و خامنه‌ای و حکومت دینی‌شان مشکل داشته و دارند. این اختلافات را در شش قالب می‌توان تحلیل کرد:  

• قدرت فرا قانون، نظارت ناپذیر و غیر پاسخگوی ولی فقیه که مراجع شیعه را نیز همانند شهروندان عادی مجبور به اطاعت از مرجع دارای قدرت سیاسی در احکام حکومتی- که بخش‌های قابل توجهی از آن به احکام فقهی مربوط می شده- می کرده است؛

• سر ریز شدن منابع حکومتی و دولتی به حوزه‌ها به ویژه در دوران خامنه‌ای که زمین تخت بازی را به نفع روحانی حاکم شیب دار می ساخته است؛ خامنه‌ای بیشترین شهریه‌ها را به طلاب می پرداخته و به محض حاکم شدن برای همه‌ی طلاب بیمه‌های درمانی و بهداشتی به رایگان تامین کرد تا مرجعیت وجود نداشته‌اش را در حوزه‌ها تحکیم کند؛  

• استفاده‌ی روحانی حاکم از قوای قهریه مثل دستگاه قضایی (دادگاه ویژه‌ی روحانیت)، دستگاه‌های امنیتی و نظامی و نیروهای لباس شخصی برای کنترل منابع و نزدیکان و شبکه‌های دیگر رهبران دینی؛ این وجه را در رفتار با مراجعی مثل شریعتمداری و منتظری در قم، قمی در مشهد و شیرازی‌ها در قم و مشهد شاهد بوده‌ایم. از حساب‌های بانکی این افراد تا منزل و دفاتر و نمایندگان آنها در شهرستانها همیشه تحت کنترل حکومت بوده‌اند. در برخی موارد نیروهای لباس شخصی حکومت به دفتر مراجع حمله کرده و آنها را تخریب یا ضبط می کرده‌اند؛ پیروان مراجع حکومتی حتی در صورت عدم رعایت فتوای روحانی حاکم در معرض بازداشت و محاکمه بوده‌اند مثل قمه زنی که خامنه ای آن را منع کرده و برخی دیگر از مراجع آن را مجاز می دانند؛

• تشکیل نهادهایی مثل مرکز مدیریت حوزه ها به شکل ملی و استانی که در پی تمرکز سیاستگذاری و تصمیم گیری در حوزه‌ها بوده و طبعا نقش مراجع منتقد و غیر وفادار به حکومت دینی را به حداقل می رسانده‌اند؛  

• وابسته کردن همه‌ی نهادهای دینی از جمله مساجد، اوقاف، و حسینیه‌ها به حکومت با تشکیل نهادهایی مثل مرکز رسیدگی به امور مساجد یا ستادهای اجرای احکام از یک سو و سرازیر کردن منابع دولتی به آنها از سوی دیگر. این اقدامات فضا را بر روحانیون نزدیک به مراجع مستقل تنگ تر و تنگ تر ساخته است؛ و  

• حکومت با در اختیار داشتن یک دستگاه تبلیغاتی عظیم دولتی روحانیون مخالف خود را با عناوینی مثل اسلام آمریکایی، تشیع لندنی، و جریان نفاق نخست وابسته به بیگانه معرفی کرده و بعد آنها و نزدیکانشان را تحت تعقیب و بازداشت و حبس قرار می داده است. از همین جهت برخی مراجع پس از عمومی شدن فناوری ماهواره خود به تاسیس شبکه های تلویزیونی ماهواره‌ای پرداخته‌اند اما در همین کار نیز مدام تحت فشار حکومت قرار داشته‌اند. کارکنان این شبکه ها در ایران مدام مورد تهدید و بازداشت قرار می گرفته‌اند.   

روحانیونی که با ترتیبات تازه‌ی حکومتی یعنی دولتی شدن دین همراهی می کردند از امتیازات و منابع حکومت مثل در اختیار گرفتن برخی شرکت‌های مصادره شده برای تامین هزینه‌ها و انتصاب شاگردان و نزدیکانشان در نهادهای قدرت مثل مجلس خبرگان و شورای نگهبان و امامت جمعه برخوردار می شده‌اند اما آنها که منتقد ایدئولوژی، سیاست‌ها و تصمیمات اسلامگرایان بوده‌اند مدام چماق قدرت را بالای سر خود احساس می کرده‌اند.  

چهار نتیجه از این روابط قدرت میان روحانی حاکم و نزدیکانش از یک سو و دیگر روحانیون از سوی دیگر به دست آمده است:

• دولتی شدن هرچه بیشتر نهادهای دینی با وابستگی سازمانی، مالی و ایدئولوژیک به حکومت؛ خامنه‌ای با این رهیافت بخش قابل توجهی از روحانیون را با خود همراه کرده است؛ روحانیتی که امروز تا بن دندان از حیث مالی به حکومت وابسته است نقش نظارتی و انتقادی بازی نمی کند؛

• ضعیف شدن اقتدار اجتماعی و مذهبی روحانیونی که می خواسته‌اند در چارچوب‌های سنتی عمل کنند و با اتکا به منابع مردمی ادامه‌ی حیات دهند؛ امروز می توان گفت که نهاد مرجعیت سنتی با همه‌ی ابعادی مه در گذشته داشته در ایران تقریبا به انتهای کار خود رسیده است؛ مراجعی مثل وحید خراسانی تنها مجلس پر رونق تدریس دارند؛ مراجعی مثل خویی کسانی را در ایران پوشش می دهند که تنها به رساله‌ی فارسی وی مراجعه می کنند؛ و مراجعی مثل صادق حسینی شیرازی که مقلدانی در کشورهای عربی منطقه مثل کویت و عراق دارند؛ هیچ مرجع مستقلی نمی تواند در ایران شبکه‌ای از روابط اجتماعی مبتنی بر نهادهای دینی مستقل را تاسیس و تحکیم کند؛

• زندگی بخش قابل توجهی از شیعیان مخالف اسلامگرایی در تبعید، از عراق و لبنان تا کشورهای اروپایی؛ این گروه فعالیت‌های دینی خود را با استفاده از آزادی مذهب در کشورهای غربی در این جوامع سازمان داده‌اند؛ حکومت با استفاده از این زندگی تبعیدی آنها را وابسته به دول خارجی معرفی می کند؛ و  

• پیوستن دینداران غیر اسلامگرا به دیگر نیروهای اجتماعی سرکوب شده که در مواردی چاره‌ای بجز دست زدن به نافرمانی مدنی مثل اعتراض در خیابان یا سفارت رژیم در خارج کشور ندارند.