به دنبال مصاحبه افشاگرانه مازیار ابراهیمی با بی‌بی‌سی فارسی در تاریخ ۱۲ مرداد، علی ربیعی، سخنگوی دولت روحانی، به‌ناچار سکوت را شکست و در اظهارنظر عجیبی اعلام کرد: «این اتفاق در دولت ما رخ نداده است. ما نیز اطلاعی از این پرونده نداریم. اما در گفت‌وگوهایی که در این‌باره داشته‌ام، اعترافاتی از سوی افرادی انجام شده که درست هم بوده است ولی اعترافاتی هم انجام شده که کار کارشناسی درباره آن‌ها انجام نشده است [...] کارشناس این پرونده‌ها کارشناس ضد‌جاسوسی نبوده است و کارشناسان حوزه دیگری بوده‌اند که در این پرونده کار کرده‌اند.»

در مستند «کلوپ ترور» که در سال ۱۳۹۱ از تلویزیون جمهوری اسلامی ایران پخش شد، ابراهیمی یکی از ۱۲ متهمی بود که به اتهام جاسوسی برای اسرائیل و ترور چهار نفر از دانشمندان هسته‌ای بین سال‌های ۱۳۸۸ تا ۱۳۹۲، در اعترافات نمایشی شرکت کرده بود. مسعود علی‌محمدی، مجید شهریاری، مصطفی احمدی روشن و داریوش رضایی‌نژاد از کارشناسان برجسته هسته‌ای بودند که در آن مقطع زمانی در ترورهای صورت‌گرفته کشته شدند و فقط فریدون عباسی دوانی بود که جان سالم به در برد و دو ماه بعد از آن حادثه،  محمود احمدی‌نژاد او را به معاونت ریاست جمهوری و ریاست سازمان انرژی اتمی منصوب کرد.

فرضیه نقش اسرائیل در ترور دانشمندان هسته‌ای ایران

مجموعه دلایلی را که موید نقش اسرائیل در قتل محققان هسته‌ای ایران است می‌توان به شرح زیر برشمرد:

هرچند حساسیت خاص و مخالفت صریح دولت اسرائیل با برنامه هسته‌ای ایران را می‌توان اولین انگیزه صحت این نظریه دانست، ادعای جمهوری اسلامی ایران مبنی بر نقش عوامل موساد در این رشته قتل‌ها محل تردید است زیرا جمهوری اسلامی همواره حوادث تروریستی از این دست را به «رژیم صهیونیستی» نسبت داده است. یکی از این موارد قتل‌های زنجیره‌ای سال ۱۳۷۷ بود که وزارت اطلاعات ابتدا اسرائیل را مسئول آن معرفی کرد، اما با افشاگری‌های بعدی و ایستادگی محمد خاتمی در برابر آن، سرانجام معلوم شد که عوامل اطلاعاتی در آن جنایت دست داشته‌اند، اگرچه برای توجیه یا تخفیف قباحت آن، بعدا اعلام شد که نیروهای نفوذی و سرخود اطلاعاتی عامل آن حادثه بوده‌اند.

دلیل دومی که فرضیه هدایت ترور از سوی تیم سازمان اطلاعاتی اسرائیل را تقویت می‌کند، اشاره و تایید رسانه‌ها و منابع خارجی است. روزنامه انگلیسی‌زبان ایندیپندنت ایرلند

در دسامبر۲۰۱۱ (آذر‌ماه ۱۳۹۰) در مقاله‌ای با عنوان «قهارترین ترورکنندگان جهان»، موساد را «ماشین قاتل بی‌رحم اسرائیل» توصیف می‌کند که در ترور شخصیت‌های هسته‌ای در تهران نقش داشته است.

اما مجله تایم همان زمان ضمن اعلام این‌که موساد در آن قتل‌ها نقش اصلی را به عهده داشته است، پا فراتر نهاد و مدعی شد اعتراف‌های مجید جمالی فشی، یکی از متهمانی که در مستند کلوپ ترور حضور داشت، صحیح بوده است. ظاهرا او مسعود علی‌محمدی، یکی از دانشمندان هسته‌ای، را ترور کرد و به همین جرم اعدام شد. هرچند افشاگری اخیر مازیار ابراهیمی باعث شد این فرضیه قوی مطرح شود که فشی فقط یکی دیگر از قربانی‌های برنامه‌های نمایشی وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی ایران بود، نه یک تروریست.

دلیل سوم انفجار در بیدگنه ملارد است که منابع اسرائیلی مختلف دخالت در آن را تایید کرده‌اند، حادثه‌ای که در ۲۱ آبان ۱۳۹۰ رخ داد و به کشته شدن بیش از ۳۰ نفر، از جمله سرلشکر حسن تهرانی مقدم، مسئول جهاد خودکفایی سپاه پاسداران، منجر شد. مجله تایم به نقل از یک «مقام اطلاعاتی غربی» نوشت این انفجار کار موساد بوده‌ است. همان زمان رونن برگمن، روزنامه‌نگار و تحلیلگر امور نظامی امنیتی اسرائیل، در کتاب «برخیز و بی‌درنگ او را بکش»، می‌نویسد انفجار در پادگان امیرالمومنین بیدگنه به دستور تامیر پاردو، رییس موساد، انجام شده است.

هم‌زمان با این حادثه، شایعه‌هایی مبنی بر نقش موساد در قتل احمد رضایی، فرزند محسن رضایی، در هتل گلوریای دبی در ۲۲ آبان ۱۳۹۰، یعنی درست یک روز پس از حادثه ملارد، را نیز نباید نادیده گرفت، اگرچه در مورد مرگ مشکوک احمد رضایی این یکی از سه فرضیه محتمل است.

چهارمین دلیلی که می‌تواند فرضیه نقش اسرائیل در ترور دانشمندان هسته‌ای را تقویت کند حمله سایبری با بدافزار استاکس‌نت به تاسیسات هسته‌ای نطنز در سال ۲۰۰۷ بود که اخیرا نقش سازمان‌های اطلاعاتی سیا، موساد و هلند در آن افشا و اثبات شده است.                                                                     

فرضیه نقش عوامل اطلاعاتی جمهوری اسلامی ایران در ترورها

مصطفی تاج‌زاده،از چهره‌های اصلاح‌طلب که در پی انتخابات سال ۱۳۸۸ چند سال در زندان بود، اخیرا در صفحه توییترش نوشته است: «اعترافات متهمان ترور دانشمندان هسته‌ای شباهت زیادی با سناریوی پیشنهادی اطلاعاتی‌ها در ماجرای قتل‌های زنجیره‌ای داشت. تفاوت در روش دو رییس‌جمهور بود؛ خاتمی ایستاد تا وزارت اطلاعات مسئولیت پذیرفت و پرونده قتل‌ها بسته شد. احمدی‌نژاد سکوت کرد و اعتراف‌‌گیری زیر شکنجه ادامه یافت.»

تاج‌زاده در این اظهار‌نظر بر آن است ظلمی را که بر افراد رفته است تا در برنامه‌های تلویزیونی به ترور دانشمندان هسته‌ای اعتراف‌ کنند با قتل‌های زنجیره‌ای مقایسه کند که در هر دو، هم اعتراف‌های ساختگی و هم قتل‌های زنجیره‌ای، عوامل اطلاعاتی جمهوری اسلامی ایران نقش داشته‌اند. اما روی دیگر سکه که احتمالا مد‌نظر او نیست نقش خودِ جمهوری اسلامی ایران در ترور‌هاست.

یک احتمال کلی در توجیه فرضیه فوق این است که تاریخ مصرف برخی محقق‌های هسته‌ای به پایان رسیده بود؛ به عبارت دیگر، پس از آن‌که اطلاعات علمی و تحقیقی‌شان تخلیه شد، با کپی‌برداری از مدل‌های علمی و فرمول‌های آن‌ها، دیگر به ادامه همکاری‌شان نیاز حیاتی نداشتند. آنچه می‌تواند این فرضیه را تقویت کند، ترس از نفوذ عوامل بیگانه در آن‌ها و به عبارتی، زمینه‌سازی شرایطی برای درز اطلاعات حساس تاسیسات هسته‌ای از سوی آن‌ها بوده است.

احتمال دوم این است که عوامل اطلاعاتی و امنیتی حس کرده بودند به دلایل یا شواهدی، این دانشمندان هسته‌ای دیگر مورد وثوق نیستند، بنابراین باید به طریقی محرمانه و مطمئن از سر راه برداشته شوند.

فرضیه سوم، مخالفت‌ یا دست‌کم مقاومت این محقق‌ها در مقابل خواسته‌ها و جاه‌طلبی‌های جمهوری اسلامی ایران است. اردشیر حسین‌پور استاد حوزه الکترومغناطیس و از دانشمندهای برنامه هسته‌ای بود که در کارخانه غنی‌سازی اورانیوم اصفهان کار و پژوهش می‌کرد. برخی رسانه‌های غربی از جمله روزنامه ساندی تایمز مرگ مشکوک او در ۲۶ دی‌ماه ۱۳۸۵ را اولین ترور یکی از دانشمندهای هسته‌ای در ایران خواندند و احتمال دادند موساد در آن دخیل باشد. اما جمهوری اسلامی ایران این ادعا را تکذیب و اعلام کرد او در خوابگاه اساتید دانشگاه شیراز به دلیل گازگرفتگی جان خود را از دست داده است. این در حالی بود که محبوبه حسین‌پور، خواهر این متخصص ارشد غنی‌سازی اورانیوم، در افشاگری‌های متعدد، از جمله در آوریل ۲۰۱۸ در نامه‌ای سرگشاده به شیرین عبادی، اعلام کرد:

«جمهوری اسلامی یگانه برادر جوان و نابغه‌ام را ترور کرد... استاد محبوب و توانای دانشگاه، متخصص ارشد غنی‌سازی اورانیوم و الکترومغناطیس و دانشمند جوان فیزیک اتمی که به‌خاطر تمرد از غنی‌سازی ۲۰ درصدی اورانیوم، در توطئه‌ای که خانواده همسرش به دستور عوامل حکومتی در آن دخیل بودند، در آپارتمان خود در شیراز توسط عوامل مشترک سپاه‌ و اطلاعات ترور شد و رژیم آن را به اسرائیل نسبت داد. اما از آن‌جا که این سناریوی بی‌شرمانه مورد قبول مادرم واقع نشده بود، هم‌زمان روایات مضحک دیگری نیز برای توجیه این قتل  ساخته بودند.»

ترور دانشمندان هسته‌ای چه به‌دست عوامل اسرائیل صورت گرفته، چه ازسوی خود شبکه اطلاعاتی جمهوری اسلامی سازماندهی شده باشد، به‌هرحال اکنون فاش شده  که برنامه تلویزیونی «کلوپ ترور» صرفا مجموعه‌ای از اعتراف‌های اجباری بوده است. در نتیجه به‌استثنای مجید جمالی‌فشی، ۱۰۷ متهم پرونده بعد از دو سال و اندی حبس، آزاد شدند. اما سوالی که همچنان بی‌پاسخ مانده، این است که چه کسانی در ترور دانشمندان هسته‌ای نقش داشته‌اند؟ این پرسش وقتی بیشتر اهمیت پیدا می‌کند که تاریخ‌پژوهشی چون عبدالله شهبازی، شخصیت نزدیک به اصول‌گراها، در کانال تلگرامش این خبر را منتشر می‌کند که «برخی شایعات حاکی از آن است که مسئول پرونده دستگیرشدگان متهم به ترور دانشمندان هسته‌ای، که مستند جنجالی کلوپ ترور را بر اساس اقاریر اجباری دستگیرشدگان از جمله مازیار ابراهیمی و دیگران ساخت و پخش کرد، به اسرائیل گریخته است».