کانون مدافعان حقوق بشر در گزارشی از حسن روحانی خواست که در دوره دوم ریاست جمهوری بر وزارت اطلاعات و نهادهای اطلاعاتی موازی نظارت بیشتری اعمال نماید  و در برابر «تخلف» نهادهای اطلاعاتی موازی «مقاومت» کند.
این سازمان گزارش خود از نقض حقوق بشر در ایران در اردیبهشت‌ماه  را منتشر کرده و در آن با اشاره به معرفی وزیر اطلاعات از سوی رئیس جمهور به مجلس، تاکید شده که اعمال غیرقانونی ماموران وزارت اطلاعات در کارنامه اعمال رئیس جمهور نوشته می شود.

کانون مدافعان حقوق بشر که شیرین عبادی، ریاست آنرا برعهده دارد در گزارش خود گفته طبیعتا بالاترین فرد مسئول در قوه قضائیه از «اعمال غیرقانونی» نهادهای موازی امنیتی «مانند دستگیری و پرونده‌سازی برای فعالان مدنی و سیاسی» اطلاع دارد.

شیرین عبادی، برنده ایرانی جایزه صلح نوبل، پیشترکارنامه دولت حسن روحانی در زمینه رعایت آزادی‌های قانونی را «بسیار ضعیف» دانسته و در زمان تبلیغات انتخاباتی اعلام کرد که کارنامه همه نامزدهای تاییدصلاحیت‌شده انتخابات ریاست جمهوری ایران «منفی و غیرقابل قبول» است و به گفته او، شورای نگهبان مردم را ناچار کرده است به انتخاب از میان بد و بدتر دست بزنند.

در همین زمینه تقی رحمانی، از فعالان ملی مذهبی و همسر نرگس محمدی اعلام کرده بود که وزارت اطلاعات در پرونده نرگس محمدی و عبدالفتاح سلطانی نقش عمده دارد. او گفته بود که  وزارت اطلاعات شاکی خانم محمدی است و اگر این وزارتخانه شکایت خود را پس بگیرد، نرگس محمدی آزاد می‌شود.

تقی رحمانی امروز ۳ خرداد به وبسایت ایران اینترنشنال گفت:« وزیراطلاعات با نظر رهبری تعیین می شود. گفتگوهای متفاوت و متناقضی بوده که دولت روحانی از عملکرد بخش امنیت داخلی وزارت اطلاعات راضی نیست. وزارت اطلاعات در حال حاضر شاکی اصلی نرگس‌محمدی، نیروهای ملی و مذهبی، کانون مدافعان حقوق بشر مثل عبدالفتاح سلطانی، عضو کانون مدافعان حقوق بشر است و اگر وزارت اطلاعات شکایت خود را پس بگیرد، آنها آزاد می‌شوند. بخش امنیت داخلی وزارت اطلاعات ترمز جریان مشارکت، نهضت آزادی، ملی مذهبی، کانون مدافعان حقوق بشر و فعالان مدنی در ایران هست. با توجه به این موضوع باید دید که آیا در دور دوم آقای روحانی می تواند علیرغم چالشهایی که با آن مواجه است، به مسائل مدنی هم توجه کند یا خیر؟ آنچه مسلم است اینکه وزارت اطلاعات باید کنترلش را برنهادهای مدنی بردارد. واقعیت این است که برخی از سیاست‌های وزارت اطلاعات مورد توافق آقای روحانی نیست، اما اینکه چقدر حاضر است برایش هزینه دهد، بستگی به شرایط جهانی، شرایط منطقه‌ای و درعین حال خواست مردم دارد. اگر آقای روحانی آنطور که وعده داده بخواهد تحریم‌ها را بردارد، باید وضعیت بهبود بشر را در ایران ارتقا دهد».

وزارت اطلاعات دولت حسن روحانی در چند سال اخیر علاوه بر افزایش فشار بر فعالان مدنی و سیاسی  از برگزاری نشست برخی از گروه‌های سیاسی و فرهنگی منتقد، از جمله جبهه ملی و کانون نویسندگان ایران جلوگیری کرده است. با این حال محمود علوی، وزیر اطلاعات دولت حسن روحانی، در مواردی از جمله بازداشت مدیران کانال‌های تلگرامی با قوه قضاییه و سازمان اطلاعات سپاه پاسداران چالش‌هایی داشته است.