آیت‌الله علی خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی که به‌مناسبت سالگرد فوت آیتااله خمینی سخنرانی می‌کرد انتقاداتی را متوجه فعالیت‌های انتخاباتی روحانی کرد.

وی در سخنان خود نقدهای حسن روحانی به ابراهیم رییسی را به عنوان تطهیر دهه ۶۰  مورد انتقاد قرار داد. او سعی کرد مساله اعدام‌های دهه ۶۰ را با موضوعات دیگر ربط دهد. او مساله جنگ با عراق ، ترورهای مجاهدین خلق و تحریم‌های غرب را به هم متصل کرد و آن را درقاب تصویر دهه ۶۰  در آورد و گفت نمی‌توان جای جلاد و شهید را عوض کرد. او با نقد غیرمستقیم روحانی و کسانی که در انتخابات به رییسی از زاویه اعدام‌های دهه ۶۰ حمله کرده بودند، هم از اقدامات رییسی به عنوان مقابله با ترور دفاع کرد و هم به روحانی و دیگر اطلاح طلبانی که در انتخابات به وی حمله کرده بودند خاطر نشان ساخت که هویت مسائل دهه ۶۰ از جمله مقابله با مجاهدین خلق میراث آیتالله خمینی است و زیر سوال بردن آنها به معنی حمله به رهبر انقلاب است  که اصلاح طلبان خود را میراث دار هویتی آیت‌الله خمینی می‌دانند.

رهبر ایران علاوه بر این، از منظر دیگری نیز به نقد مسائل انتخاباتی پرداخت. او تاکید کرد  که در تبلیغات انتخاباتی و مناظرات حرف‌هایی زده شد و بداخلاقی‌هایی انجام گرفت و دستگاه‌های گوناگون کشور مورد اتهام قرار گرفتند که کارهای خوبی نبود. اشاره مستقیم رهبری ایران  به مواضع روحانی بود که نهادهای مختلف امنیتی و قضایی و اقدامات آنها را مورد علامت سوال قرار داده بود .آیت الله خامنه‌ای البته سعی کرد که موضوع را برجسته نکند و ازهمه خواست که انتخابات و مسائل آن را پشت سر بگذارند. در همین میان روحانی روز قبل از این در مراسمی که با حضور مسئولان برگزار شد برخی از مواضع انتخاباتیش را تکرار کرد. او تاکید کرد که نمی‌تواند بپذیرد که در استان‌ها مقامات محلی خود نقش رهبری را بازی کنند و گفت مملکت یک قانون اساسی و یک رهبر دارد و از موضع مقتدرانه‌ای گفت که در دور جدید نمی‌تواند پذیرای چنین رفتاری از مقامات محلی باشد . نمونه بارز این مساله به مواضع امام جمعه مشهد آقای علم الهدی برمی‌گردد که می‌گفت در استان خراسان رضوی کسی حق برگزاری کنسرت ندارد که روحانی با برگزاری کنسرت در میتینگ انتخاباتیش عملا به مقابله با او شتافت  و قصد دارد که همین مسیر را ادامه دهد.

روحانی فهمیده است که خودمختاری وخودسری مقامات محلی در غیاب استانداران مقتدر که نماینده دولت محسوب می‌شوند موجب نارضایتی‌های عمومی در شهرستان‌ها است و لذا با تکرار مواضع انتخاباتیش سعی کرد فضای انتخاباتی وعده‌هایش را زنده نگه دارد و تصویری مقتدر از خودش به نمایش بگذارد. روحانی به‌خوبی می‌داند که جذب سرمایه گذاری نیازمند پایان دادن به رفتارهای خودسرانه در سیستم است. او همچنین تاکید کرد که در دولت جدید از کارگزارانی استفاده خواهد کرد که به‌طور جدی در مسیر دولت حرکت کنند و مردد وغیر مصمم نباشند زیرا انتخابات و رای مردم فضای جدیدی را برای این حرکت فراهم کرده است .

با توجه به مواضع روحانی می‌توان چنین نتیجه گرفت که او قصد خانه تکانی در کابینه و استانداران کشور را دارد . باید دید که او برای تحقق اهدافش تا چه حد می‌تواند از سطح موانع پیش رویش در سیستم که برای زمین‌گیر گردن او تعبیه شده، عبور کند. اینکه آیت‌الله خامنه‌ای چگونه به او واکنش نشان خواهد داد بستگی به توازن قدرت در ساختار جامعه و نحوه حمایت مردم از روحانی  و نیز مسائل بین‌المللی دارد. این ابهامات پیش‌بینی عاقبت چنین چالشی را دشوار می‌کند .