علی شمخانی، دبیر شورای‌عالی‌امنیت‌ملی، امروز دوشنبه ۲۶تیرماه، در دیدار با عبدالله رسول علی، معاون‌اول دبیرکل اتحادیه میهنی اقلیم کردستان و ملا بختیار، رئیس دفتر سیاسی این اتحادیه درباره همه‌پرسی استقلال در اقلیم کردستان عراق گفته است: «اگر چه ممکن است ظاهر این موضوع جذاب باشد اما در حقیقت موجب انزوا و فشار بر کردهای عراق و تضعیف کردستان و در نهایت کل کشور عراق خواهد شد.»
به گزارش خبرگزاری ایسنا، علی شمخانی، با تاکید بر اینکه عراق امن و باثبات تامین کننده امنیت پایدار، ثبات و پیشرفت این کشوراست، تصریح کرد: «پیگیری موضوع برگزاری همه پرسی برای جدایی و ایجاد انشقاق در ملت عراق به لحاظ حاشیه‌ای بودن و عدم پاسخگویی به هیچ یک از اولویت‌ها و نیازهای واقعی مردم، با تدبیر و سیاست مسئولان عراق همخوانی ندارد.»

دبیر شورای‌عالی‌امنیت‌ملی با بیان اینکه خواست برخی کشورهای منطقه و فرامنطقه‌ای، تضعیف عراق و کشورهای بزرگ در غرب آسیاست، تصریح کرد: «با هوشیاری و درنظر داشتن منافع ملی و منافع جهان اسلام نباید اجازه داد این طرح‌های استعماری و وارداتی همچون خاورمیانه بزرگ محقق شود.»
این اولین بار نیست که مقامات جمهوری اسلامی با برگزاری همه‌پرسی در اقلیم کردستان عراق مخالفت می‌کنند. روز سه‌شنبه ۳۰ خرداد نیز آیت‌‎الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، در دیدار با حیدرالعبادی، نخست وزیر عراق، با برگزاری همه پرسی استقلال کردستان عراق مخالفت کرد و دامن زنندگان به این موضوع را مخالفان استقلال و هویت عراق خواند.

پس از آن بهرام قاسمی، سخنگوی وزارت‌‌خارجه جمهوری اسلامی نیز درواکنش به برگزاری رفراندوم استقلال در کردستان عراق گفت: «موضع اصولی و روشن جمهوری اسلامی ایران حمایت از تمامیت ارضی و یکپارچگی عراق است.»
مسعود بارزانی، رییس دولت اقلیم کردستان عراق، روز چهارشنبه ۱۷ خرداد اعلام کرد که همه‌پرسی استقلال کردستان در ۲۵ سپتامبر امسال برگزار خواهد شد. یک مشاور مسعود بارزانی، نیز اعلام کرد که این همه‌پرسی در مناطق مورد مناقشه با حکومت مرکزی یعنی کرکوک، خانقین، مخمور و سنجار نیز برگزار خواهد شد. کرکوک منطقه‌ای نفت‌خیز است و سال‌هاست که دولت مرکزی و اقلیم کردستان بر سر آن اختلاف دارند. پارلمان عراق روز ۱۲ فروردین سال جاری با نصب پرچم اقلیم کردستان در کرکوک مخالفت کرد. پیشتر مقام‌های دولت مرکزی عراق نسبت به برگزاری هرگونه همه‌پرسی در خصوص استقلال کردستان عراق هشدار داده بودند. علاوه بر حکومت مرکزی عراق و جمهوری اسلامی، ترکیه و سوریه نیز مخالف استقلال کردستان عراق هستند.

در ادامه دیدار علی شمخانی با مقامات اقلیم کردستان، عبدالله رسول‌علی، معاون‌اول دبیرکل اتحادیه میهنی اقلیم کردستان با اشاره به اینکه جمهوری اسلامی ایران همواره پشتیبان مردم کرد عراق بوده است تاکید کرد: «پیوند میان ایران و کردستان عراق تمدنی و تاریخی است و اقلیم کردستان  به دوستی با جمهوری اسلامی ایران افتخار می کند.»                                                                                                                                                                                
وی با اشاره به پشتیبانی تعیین کننده ایران از امنیت اقلیم و مردم کردستان در زمان حمله گروه تروریستی داعش به این منطقه گفت: «در حالی که تروریستهای تکفیری به دروازه های اربیل نزدیک شده بودند تنها  کشوری که در کنار مردم کردستان ضمن مقابله جدی با داعش از شکل گیری فاجعه امنیتی در اقلیم کردستان جلوگیری کرد، جمهوری اسلامی ایران بود.»

حسن روحانی، روز سه‌شنبه ۲۰ تیر، گفت: «در سخت ترین شرایط اقتصادی به ملت عراق کمک کردیم. وقتی ما می گوییم کمک به ملت عراق، برخی فکر می‌کنند که منظور فقط فداکاری جانی است که البته درست است، عده‌ای با جان فداکاری می‌کنند و باید از آنها قدردانی کنیم، اما حقوق و سلاح آنها را چه کسی تأمین می‌کند؟» او همچنین گفت: «وقتی دولت عراق با داعش می‌جنگید، سلاح این‌ها را در شرایط تحریم چه کسی تأمین می‌کرد؟»

قاسم سلیمانی، فرمانده نیروی قدس سپاه پاسداران هم، روز دوشنبه ۱۹ تیر، از حمایت بی‌دریغ تسلیحاتی جمهوری اسلامی از عراق گفت و خبرداد: وزارت دفاع ایرانبه صورت «سه شیفت» برای عراق سلاح تولید و به آنجا ارسال کرد. او افزود: «کلید در انبارهای تسلیحات جمهوری اسلامی در اختیار فرمانده شبه نظامیان حشدالشعبی، یا بسیج مردمی شیعیان عراق بوده است.»

پیش از این مقام‌‌های جمهوری اسلامی مدعی بودند که حمایت‌شان از دولت‌های عراق و سوریه تنها ارسال نیروهای مستشاری به این دو کشور است.