علی شمخانی، دبیر شورای عالی امنیت ملی ایران، می‌گوید که «ستاد اجرایی فرمان امام» باید مکمل سیاست‌های اقتصادی دولت و بخش خصوصی باشد، نه رقیب آن‌ها.

به گزارش خبرگزاری ایسنا، شمخانی روز چهارشنبه ۱۸ بهمن‌ماه، در جمع مدیران و کارکنان «ستاد اجرایی فرمان امام»، ضمن اعلام این نظر خود، افزود: «ستاد اجرایی باید متمرکز بر اجرای پروژه‌هایی مانند صنایع دانش‌بنیان و پیشران شود که امکان تحقق آن توسط سایر بخش‌ها نیست».  

ستاد اجرایی فرمان امام، نهادی حکومتی در ایران است که به فرمان آیت‌الله خمینی تأسیس شده است و در حال حاضر به طور مستقیم زیر نظر خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی ایران، اداره می‌شود. این ستاد وظیفه مدیریت اموالی را که طبق قانون اساسی و دیگر قوانین ایران در اختیار ولی‌فقیه هستند، بر عهده دارد.  

طبق گزارشی تحقیقی که خبرگزاری رویترز در ۲۰ آبان ۱۳۹۲ منتشر کرده بود، میزان دارایی‌های ستاد اجرایی فرمان امام «بالغ بر ۹۵ میلیارد دلار» برآورد شده است. به نوشته‌ی رویترز، «کنترل این امپراتوری عظیم اقتصادی» تنها در دست آیت‌الله خامنه‌‌ای است.

خبرگزاری رویترز همچنین در گزارشی دیگر در ۳۰ دی‌ماه ۱۳۹۵، اعلام کرد که پس از توافق هسته‌ای ایران موسوم به برجام، شرکت‌های خارجی مانند شرکت «دوو»ی کره‌جنوبی و شرکت داروسازی «نووو نوردیسک» دانمارک، دست‌کم ۹ قرارداد بزرگ با نهادهای تحت کنترل رهبر جمهوری اسلامی، از جمله ستاد اجرایی فرمان امام امضا کرده‌اند.