محمد خاتمی، رئیس جمهور پیشین ایران، در جمع نمایندگان ادوار مجلس‌شورای‌اسلامی، نسبت به ترکیب کابینه دوازدهم واکنش نشان داده و گفته است: «ما سهم نمی خواهیم اما در عین حال مطالبات مردم مهم است و نیز کسانی که مایه گذاشتند در انتخابات نباید با بی مهری مواجه باشند حداقل باید از امکانات مساوی در جامعه برخوردار باشند.»
به گزارش وب سایت محمد خاتمی، رئیس‌جمهور پیشین ایران خواستار آن شد که در کابینه ی جدید هم نظر رهبری، هم خواست مردم و هم مصالح ملی همه با هم رعایت شود. او با اشاره اهمیت موضوع تشکیل کابینه جدید براساس مطالبات مردم، موضوع سهم‌خواهی گروه‌ها و جریانات را بحثی ثانوی دانست و گفت: «در تشکیل دولت جدید باید سه اصل در نظر گرفته شود: نخست نظر رهبری است که محور نظام جمهوری اسلامی ایران و خیرخواه جامعه هستند. دوم نظر و مطالبات مردم. کابینه جدید باید همزمان که با نظر رهبری هماهنگ است باید توان این را داشته باشد که مطالبات مردم را درک کرده و در مسیر برآوردن آن گام بردارد.»
وی سومین اصل را در تشکیل کابینه جدید تأمین مصالح ملی و جایگاه بین‌المللی ایران دانست و تصریح کرد: «اعضاء کابینه جدید باید هماهنگ و همسو با رئیس جمهوری بوده و در راه تحقق اولویتهایی که تشخیص داده شده و مردم هم به آن رأی دادند حرکت نمایند.»

در آستانه تعیین دومین کابینه حسن روحانی، اختلافات میان حامیان او در مورد وزیران، بیش از هر زمان دیگر خبرساز شده است. اصلاح‌طلبان از ترکیب کابینه دوازدهم ناخشنودند. اخبار منتشر شده از کابینه احتمالی دوازدهم به دنبال دیدار حسن روحانی با آیت‌الله خامنه‌ای برای هماهنگی اعضای کابینه با وی، نگرانی‌هایی را در میان طیفی از اصلاح طلبان به‌وجود آورده است. آنها  از محافظه‌کاری و حتی نوعی «چرخش به راست» حسن روحانی در چینش کابینه می‌گویند. اخبار جسته و گریخته‌ای که از ترکیب کابینه دوازدهم منتشر شده نشان می‌دهد که از زنان در سطح وزارت خبری نیست و «حلقه نزدیکان» به حاکمیت، بیشترین سهم را درکابینه دارند.
رئیس دولت اصلاحات با ابراز نگرانی تلویحی از این موضوع افزود: «در عین حال نباید کسانی که برای موفقیت رئیس جمهوری به صحنه آمدند و مایه گذاشتند خدای ناکرده مورد بی وفائی و نفی و طرد قرار گیرند. انتظار جامعه این است که اگر این اشکالات وجود دارد با اهتمام و نظارت شخص آقای رئیس جمهوری که مطمئن هستم این برخوردها را قبول ندارند مرتفع گردد.»

محمدخاتمی درباره تشکل‌های اصلاح‌طلب نیز گفت: «در مورد تشکل های اصلاح طلب حتماً باید فرق میان تشکلی که فقط نامی دارد با تشکلی که سازمان و سامان گسترده دارد و فعال است را مشخص و درک کرد. البته همه وجودشان مغتنم است و باید تقویت شوند ولی لازم است سازو کاری برای فعالیت جبهه ای و انسجام و اتحاد هم اندیشید. برای اصلاحات دنبال رهبر و رهبری هم نگردید اصلاحات رهبری پذیر نیست گرچه باید سامان داشته باشد ما که نمی توانیم بنشینیم تعیین و بخش‌نامه بکنیم چه کسی رهبر هست چه کسی رهبر نیست. و چه کسی محور هست یا نیست حالا اگر یک کسی به غلط یا درست مردم توجهی به او دارند باید از این ظرفیت استفاده بشود برای انتظام و انسجام و جلوگیری از تفرق.»