دیوان محاسبات در ایران برای محمدباقر قالیباف، شهردار تهران، به دلیل ممانعت از حسابرسی رای اولیه صادر کرده بود، اما پس از آن قالیباف با دیوان همکاری کرد و حکم او منتفی شد.

به گزارش ایسنا، فیاض شجاعی دادستان دیوان محاسبات کل کشور با اشاره به پرونده شهرداری تهران در این دیوان گفت: «پیش از انتخابات رای اولیه‌ای برای شهردار تهران صادر شده بود که با رفع موانع موضوع منتفی شد».
شجاعی در ادامه گفت: «پیش از انتخابات ریاست جمهوری شهردار تهران برای حسابرسی دیوان محاسبات موانعی ایجاد کرده بود که در همین راستا پرونده‌ای در دادسرای دیوان تشکیل شد و رای اولیه‌ای هم صادر شد اما ایشان پیش از قطعیت رای برای ورود حسابرسان به شهرداری تهران اعلام آمادگی کرد. لذا از قطعی شدن حکم ایشان جلوگیری شد».
او با بیان این‌که دیوان محاسبات تا امروز گزارشی در خصوص تخلف مالی شهرداری تهران دریافت نکرده است، خاطرنشان کرد: «در حال حاضر حسابرسان دیوان محاسبات باید پس از استقرار در شهرداری تهران بررسی کنند که اگر تخلفی وجود داشت آن را اعلام کنند».
دادستان دیوان محاسبات تصریح کرد: «این دیوان، رسیدگی‌های حرفه‌ای تخصصی خود را به دور از شائبه‌های سیاسی پیگیری می‌کند. در هر مرحله از فعالیت حسابرسان دیوان اگر مانعی ایجاد شود دیوان ورود خواهد کرد و نهاد مربوطه و مسئول آن را تحت تعقیب قرار خواهد داد».
شجاعی در پاسخ به این سوال که آیا پرونده تخلفات افراد از جمله شهردار پس از دوران مسئولیتشان مفتوح خواهد بود یا خیر؟ گفت: «منفک شدن یک مسئول از مسئولیت قبلی موجب رفع تکلیف از آن فرد یا مختومه شدن پرونده نمی شود بلکه رسیدگی به پرونده تا نتیجه قطعی ادامه خواهد یافت و نهایتا یا منع تعقیب از سوی دادستان صادر می‌شود یا هیأت‌های مستشاری و محکمه رای برائت یا محکومیت صادر خواهند کرد».

افشای فساد مالی در شهرداری در تاریخ سوم شهریور۹۵ از خبرهای پرحاشیه در سال گذشته بود. واگذاری چند هزار میلیاردی املاک به بعضی مدیران ارشد شهری و برخی اعضای شورای شهر تهران از دیگر تخلفات شهرداری تهران برای نخستین بارتوسط  سایت معماری نیوز رسانه‌ای شد. براساس گزارش منتشر شده، شهرداری تهران به برخی از مدیران شهرداری، اعضای شورای شهر، یک نماینده مجلس، یک مقام نیروی انتظامی و چند مقام و مأمور حراست، در شمال تهران املاکی با قیمت‌های نجومی را با ۵۰ درصد تخفیف واگذار کرده است و در بسیاری موارد قیمت کارشناسی املاک کمتر از نرخ واقعی برآورد شده و برای پرداخت ۵۰ درصد باقیمانده وام‌های کلان با باز پرداخت ناچیز درنظر گرفته شده بود.

محمدباقر قالیباف، شهرداری تهران، در ۷ شهریور ۱۳۹۵ گفت: «تخفیف به اعضای تعاونی‌های مسکنی که در شهرداری ثبت نام کرده‌اند مطابق قانون است».

یاشار سلطانی، سردبیر سایت معماری‌نیوز، با شکایت مهدی چمران و محمدباقر قالیباف به دادگاه احضارو به دلیل نداشتن وثیقه ۲۰۰ میلیون تومانی بازداشت شد.

با گذشت نزدیک به دو ماه از انتشار این خبر، عباس جعفری دولت‌آبادی دادستان کل ایران، در یک مصاحبه تلویزیونی دربارهٔ پرونده واگذاری املاک شهرداری از «تخلف قطعی» در این نهاد خبر داد و گفت: «که در مجموع، ۴۵۵ نفر «خارج از ضابطه قانونی» از شهرداری ملک گرفته‌اند که باید این املاک بازگردانده شود».
اسفند سال ۹۵ بار دیگر پای شهرداری به قوه قضائیه کشیده شد. اسفند ۹۵ عادل آذر رئیس دیوان محاسبات از تشکیل ۸۷ پرونده برای دستگاه‌های اجرایی در زمینه حقوق‌های نجومی خبر داد و گفت: «فرآیند رسیدگی این پرونده‌ها در دادسرای این دیوان در حال اجراست. آذر درباره آخرین وضعیت پیگیری حقوق‌های نجومی افزود: «این پرونده شامل ۳۹۷نفری بود که مجموع مازاد دریافتی آنان حدود ۲۳ میلیارد و۳۰۰ میلیون تومان شده بود و گزارش آن نیز در صحن علنی مجلس قرائت شد».
به گفته رئیس دیوان محاسبات، تمام مبلغ حدود ۲۳ میلیارد و ۳۰۰ میلیون تومان به طور کامل به حساب‌های مربوط به دستگاه‌های اجرایی و یا خزانه برگشت داده شده است.
یک ماه پس از انتشار خبر از سوی آذر، دیوان محاسبات نیز در گزارشی درباره رسیدگی به حقوق‌های غیر متعارف اعلام کرد: در تمامی دریافتی‌های نامتعارف مدیران دستگاه‌های اجرایی بوسیله دیوان محاسبات کشور به بیت‌المال برگشته است».

در سومین مناظره نامزدهای ریاست جمهوری ایران در تاریخ ۲۲ اردیبهشت ۱۳۹۶ حسن روحانی و اسحاق جهانگیری با اشاره به رسوایی واگذاری غیرقانونی «املاک نجومی» شهرداری تهران، صلاحیت محمدباقر قالیباف را زیر سؤال بردند. قالیباف مدعی شد که این املاک را به رفتگران و افراد عموماً فقیر واگذار کرده است.

دیوان محاسبات اگر چه امروز اعلام کرد که آقای قالیباف شهردار تهران با این نهاد همکاری لازم را داشته است اما به طور مشخص عنوان نشد که این همکاری درازای کدام پرونده شهرداری بوده است.