محمدجعفر منتظری، دادستان تهران روز چهارشنبه ۱۹ مهر در مراسم سی‌وششمین سالروز تاسیس سازمان بازرسی کل کشور، به تندی از علی مطهری انتقاد کرده و گفته است: «آقای نماینده‌ای که داری از رانت وابستگی به بزرگان دیگر استفاده می‌کنی و دنبال این هستی که نکته‌ای را بدست آوری و علیه قوه قضاییه مقاله بنویسی و سخنرانی کنی و قوه را به چالش بکشی، اگر مشاهده می‌شد که در همه عرصه ها وارد می‌شوی انسان دلش نمی سوخت؛ اولا این آقایان حق ورود به مسایل قضایی را ندارند.»
وی افزود: «چه‌طور است که از هر چه حمایت می‌کنی افراد مساله دار و کسانی است که وابسته به ضد انقلاب و اپوزیسیون هستند. یک بار شده که بیایی و از پرونده افراد عادی حمایت کنی. اگر شما مدعی آزادی هستی چرا برای همه این سنگ را به سینه نمی‌زنی؟ چرا دروغ می‌گویی؟ این نشان دهنده این است که به دنبال اجرای عدالت حقیقی نیستید.»
دادستان کل کشور همچنین با بیان اینکه قوه قضاییه یکی از محورهای اصلی است که دشمن به‌دنبال تضعیف آن است، گفت: «کسانی که دنبال براندازی نظام هستند، قوه قضاییه را هدف قرار داده‌اند. قصد دارند قوه قضاییه را به انحاء مختلف بکوبند؛ از نسبت‌های ناروا گرفته تا توهین و دروغ، هدف شان سلب اعتماد مردم است.»

منتظری در ادامه سخنانش از لزوم حمایت همه‌جانبه از سپاه پاسداران سخن گفته و پرسیده: «فکر می‌کنید اگر سپاه و قوه قضاییه تضعیف شود نان‌تان در روغن است؟ کور خوانده‌اید. این ره که می روید به جهنم است.»

بر اساس اصل ۷۶ قانون اساسی، مجلس‏ شورای‏ اسلامی حق‏ تحقيق‏ و تفحص‏ «در تمام‏ امور كشور» را دارد. براساس این اصل، مجلس حق دارد که بر همه‌ی نهادهای نظام از جمله قوه قضاییه نظارت کند. با این حال مقام‌های قوه قضاییه بارها و به صراحت اعلام کردند که این قوه تنها پاسخگوی رهبر جمهوری اسلامی است.

همچنین در واکنشی دیگر دادستانی تهران، در اطلاعیه‌ای که روز چهارشنبه ۱۹مهر، توسط روابط عمومی این نهاد منتشر کرده، به شدت از یادداشت علی مطهری انتقاد کرده و اعلام کرده: «تا کی قضات و قوه قضاییه باید دخالت‌های امثال آقای مطهری را در پرونده‌های قضایی تحمل نمایند؟»

به گزارش خبرگزاری ایسنا، این اطلاعیه در واکنش به یادداشت اخیر علی مطهری که دیروز در روزنامه اعتماد منتشر شد و در آن از «بازداشت نامناسب» افراد انتقاد کرده بود، افزوده: «ظاهراً وی وظایف اصلی خود به عنوان نماینده مردم در مجلس را فراموش کرده است.»

اطلاعیه مذکور در ادامه این پرسش را مطرح کرده که «چگونه یکی از نمایندگان مجلس شورای اسلامی که باید به عنوان قانون‌گذار در رعایت قوانین الگو باشد، پناهگاه برخی متهمان و محکومان خاص گردیده است؟!»

علی مطهری سه‌شنبه ۱۸مهرماه در یادداشتی در روزنامه اعتماد با اشاره به «بازداشت نامناسب» افراد از جمله خبرنگاران نوشته بود: «تا کی باید ما نمایندگان مجلس خصوصا نمایندگان تهران ملجا و پناه خانواده‌های این بازداشت‌شدگان باشیم و پی‌درپی به ما مراجعه کنند، در حالی که کار زیادی هم از ما بر نمی‌آید؟»

این نماینده مجلس در یادداشت خود همچنین به صادق لاریجانی، رئیس قوه قضاییه پیشنهاد کرده که علاوه بر اظهار نظر درباره سیاست جهانی و برجام و مسائل خاورمیانه، خوب است كه هر چند وقت یک‌بار در جمع خبرنگاران یا دانشجویان حاضر شود و به سوالات گوناگون آنها پاسخ دهد.

پاسخ مطهری به صادق لاریجانی سه روز پس از انتقاد حسن روحانی از قوه قضاییه صورت می‌گیرد. ۱۵ مهرماه حسن روحانی در سخنرانی در دانشگاه تهران گفت: «ممکن است برخی از دستگاه‌ها بیکار باشند و برای ایجاد شغل برای خود، عده‌ای را احضار کنند.»

سخنانی که واکنش تند رئیس قوه قضاییه را به‌دنبال داشت و طی سخنانی روز دوشنبه ۱۷مهر گفت: «قوه قضائیه از سر بیکاری افراد را احضار نمی‌کند. اگر بیکاری وجود دارد این شما هستید که چهار سال کشور را رها کردید و دور برجام سینه زدید؛ گویی کشور کار و مشکل دیگری ندارد. ما هم کار داریم و هم محکم در مسیر قانونی خود ایستاده‌ایم.»