شاهدان عینی به ایران اینترنشنال گفته‌اند در صورت نوید افکاری قبل از خاکسپاری آثار ضرب دیده شده و نشانه‌های شکستگی‌ بینی قابل تشخیص بوده است. به گفته این شاهدان، به خانواده افکاری فقط اجازه دیدن صورت نوید داده شده است. بنابر این خانواده اجازه نداشته‌اند بدن او را ببینند.

همچنین یک منبع نزدیک به خانواده افکاری گفته نوید افکاری پس از آن که مورد ضرب و شتم قرار گرفته عامل اصلی ضرب و شتم خود را شناسایی و معرفی کرده است.

پس از اعلام خبر اجرای حکم اعدام نوید افکاری در صبح شنبه ۲۲ شهریور ماه، پیکر او شنبه شب در روستای سنگر از توابع همایجان شهرستان سپیدان استان فارس تحت تدابیر امنیتی و شبانه به خاک سپرده شد.

سه هفته قبل نوید افکاری از معترضان مرداد ۱۳۹۷ در شیراز که به اعدام محکوم شده، در نامه و فایل‌های صوتی از شکنجه خود برای اخذ اعترافات اجباری برای پذیرش اتهام قتل حسن ترکمان کارمند حراست آبفای شیراز خبر داد و برادرش وحید نیز جزییاتی از این شکنجه‌ها و بازداشت یک برادر دیگر، پدر و دامادشان و تهدید به بازداشت مادر و خواهرشان را فاش کرد.

نوید افکاری در این فایل‌های صوتی گفت که «وقتی از زیر فشار انفرادی و زیر زمین شکنجه‌ها که خلاص شدم و پایم که رسید به زندان به مراجع قضایی مختلف نامه نوشتم و شکایت کردم و داد زدم که من قاتل جانی نیستم و درخواست دادم که مرا به پزشکی قانونی ببرند». او افزود «با گزارش پزشکی قانونی و شاهد عینی و مدارک دیگه ثابت شد که شکنجه شدم، هر چه لایحه نوشتم که اقرارم زیر شکنجه بوده و یک دلیل و مدرک در این پرونده لعنتی نیست که بگه ما گناهکاریم، اما نخواستند صدام رو بشنون. فهمیدم دنبال یه گردن برای طناب‌[دار]شان می‌گردند.»

انتشار نامه و فایل‌های صوتی برادران افکاری واکنش‌های گسترده‌ای در ایران و جهان برانگیخت و پس از آن بود که نیروهای امنیتی این سه برادر را پنج‌شنبه شب ۱۳ شهریور ماه به بندهای ارشد و تنبیهی زندان عادل آباد شیراز منتقل کردند.

سه روز بعد از انتقال برادران افکاری به بندهای ارشاد و تنبیهی زندان عادل آباد، تلویزیون رسمی جمهوری اسلامی اقدام به پخش تصاویری از اعترافات اجباری نوید افکاری کرد ولی هزاران کاربر در توییتر و دیگر شبکه‌های اجتماعی به این اقدام اعتراض کرده و هشتگ‌های حمایت از برادران افکاری را به ترند اول ایران تبدیل کردند و اقدام صدا و سیما را سناریوی تکراری و دروغین و خجالت‌آور توصیف کردند.

پس از این رویدادها بود که به دنبال چند روز بی‌خبری از برادران افکاری، گزارش‌هایی از «ضرب و شتم» دوباره آنها منتشر شد و بعد از دو روز حضور خانواده مقابل زندان، نوید افکاری در تماس کوتاه گفته به همراه دو برادرش در محلی نگهداری می‌شود، مورد ضرب و شتم قرار گرفته‌اند و باید به پزشکی قانونی اعزام شوند ولی زندان از تحویل برگه شکایت خودداری کرده است.

پدر و مادر نوید افکاری نیز در نامه‌ای به ابراهیم رییس قوه قضاییه با تایید شکنجه فرزندانشان، خواستند پیش از آنکه آثار ضرب و حرج در بدنشان از بین برود، توسط پزشکی قانونی معاینه شوند.

واکنش قوه قضاییه در این باره در خبرگزاری میزان وابسته به قوه قضاییه منعکس شد و این خبرگزاری از قول مدیرکل پزشکی قانونی استان فارس نوشت که «تیم ویژه سه نفره‌ای در حضور رییس کل دادگستری استان فارس نوید افکاری را معاینه کرده‌اند و بر اساس معاینات از نواحی مختلف بدن او، هیچ‌گونه آثاری دال بر شکنجه مشاهده نشده است.»

شامگاه جمعه بیست و یکم شهریور ماه، مهدی محمودیان، فعال سیاسی، خبر داد که برادران افکاری طی تماسی با خانواده خود آنها را «از احوال خود با خبر کرده و بیان داشتند که در حضور رییس‌کل دادگستری استان فارس تحت معاینه پزشکی قانونی قرار گرفته و آسیب‌های وارده به آنها توسط پزشکان» ثبت شده است.

ساعاتی بعد از انتشار این خبر بود که رییس کل دادگستری استان فارس از اجرای حکم اعدام نوید افکاری خبر داد و پس از آن پیکر او شامگاه شنبه تحت تدابیر امنیتی و شبانه در روستای سنگر شهرستان سپیدان به خاک سپرده شد.

مقام‌های قوه قضاییه ادعا کردند که اعدام نوید افکاری «قصاص» بوده و به «اصرار خانواده حسن ترکمان انجام شده است» ولی حسن یونسی که از خرداد ماه ۱۳۹۹ یعنی سه ماه قبل وکالت نوید افکاری را بر عهده داشت، روز شنبه در صفحه توییتر خود نوشت: «بر اساس آیین نامه اجرای احکام قصاص، محکوم علیه حق دارد قبل از اجرای حکم با خانواده خود دیدار داشته باشد. برای اجرای حکم انقدر عجله داشتید که نوید را از آخرین دیدار هم محروم کردید؟»

احتمال کشته شدن نوید افکاری بر اثر شکنجه در حالی قوت گرفته است که بابک پاک‌نیا، وکیل، گفت که «من با برادر نوید افکاری صحبت کردم و از او خواستم که مدام سامانه عدل ایران را چک کند تا اگر بحث استیذان در حال انجام است، متوجه شویم» ولی «تا آنجا که در سامانه پیگیری کردیم، بحث استیذان مطرح نشده بود.»

این وکیل همچنین از وجود ابهام‌های مختلف در پرونده نوید افکاری و برادرانش خبر داد و گفت: «ما تصور می‌کردیم با توجه به دو پرونده مفتوح او و استیذانی که هنوز انجام نشده،‌ وقت این را داریم که برای پرونده نوید درخواست اعاده دادرسی مجدد دهیم و پرونده را دوباره به جریان بیندازیم.»