در پاسخ به ابهامات در زمینه اطلاع‌ مقام‌های دولت میرحسین موسوی در زمینه اعدام‌های دهه ۱۳۶۰، سازمان عفو بین‌الملل اعلام کرد گزارشگر ویژه سازمان ملل متحد این اعدام‌ها را به مقام‌های دولت وقت، از جمله وزیر امور خارجه ایران، اطلاع داده بود.

به نوشته بیانیه این سازمان که روز پنج‌شنبه ۲۰ شهریور منتشر شد، «گزارشگر ویژه سازمان ملل در زمینه‌ اعدام‌های فراقضایی،‌ شتابزده یا خودسرانه» در تاریخ‌های چهارم و بیست‌وسوم شهریور ۱۳۶۷،‌ دوره نخست‌ وزیری موسوی، پیغام‌هایی به وزیر امور خارجه ایران فرستاد.

بنابر همین بیانیه،‌ گزارشگر ویژه سازمان ملل درمورد وضعیت حقوق بشر ایران نیز در ششم مهر همان سال نامه‌ای برای سیروس ناصری،‌ نماینده ایران در سازمان ملل،‌ ارسال کرد و خواستار پاسخگویی مقام‌های ایران شد.

عفو بین‌الملل اشاره کرده براساس آنچه که پیشتر نیز در گزارش «اسرار آغشته به خون» مستند کرده بود، مقام‌ها و مسئولان ایرانی هیچ پاسخ مشخصی به این مکاتبات نداده و به رد اتهامات وارد شده پرداختند.

بیانیه عفو بین‌الملل همچنین نوشته است که این سازمان در آذر ۱۳۶۷ کارزاری تحت عنوان «واکنش سریع» راه انداخت و در آن نمایندگان عفو بین‌الملل فهرست اسامی قربانیان اعدام را به مسئولان ایرانی عرضه کردند.

این سازمان در ادامه به ارسال رونوشت اقدامات خود به رییس وقت دیوان عالی کشور،‌ وزیر دادگستری، دادستان کل کشور و رییس مجلس اشاره کرده است. 

در این بیانیه آمده که با توجه به دوره تصدی موسوی از آبان ۱۳۶۰ تا مرداد ۱۳۶۸، مقام‌های دیپلماتیک و دولتی که باید به نخست‌ وزیر گزارش می‌دادند و از او دستور می‌گرفتند، دست به تحریف واقعیت و رد کشتار زندانیان زدند.

پیشتر گزارش این سازمان درباره اطلاع دولت موسوی از اعدام‌ها با واکنش برخی گروه‌ها و فعالان سیاسی حامی او مواجه شده بود. 

عفو بین‌الملل نوشته است: «وی به همراه وزرای خود و سایر مسئولانی که کارزار حکومتی انکار و تحریف را با هدف پنهان نمودن واقعیت پیش بردند، بار مسئولیت به دوش دارند و به استمرار ناپدیدسازی‌های قهری هزاران قربانی یاری رسانده‌اند.»

این سازمان حقوق بشری ضمن این‌که مجددا بر ضرورت پاسخگویی همه مقام‌های «سابق و فعلی» جمهوری اسلامی که در این اعدام‌ها دخیل بوده‌اند تاکید کرده؛ در عین حال اشاره کرده در زمینه «نقض حقوق بشر» علیه مهدی کروبی، موسوی و همسرش زهرا رهنورد در حصر خانگی نیز در قالب بیانیه، فراخوان عمومی و ابراز نگرانی اقدام کرده است.