محسن کدیور اسلام شناس و محقق دینی در مطلبی که در وبسایت شخصی خود منتشر کرده، تاکید کرده که آیت الله روح الله خمینی بنیانگذار جمهوری دستور تمامی اعدام های اوایل انقلاب را قبل از تصویب هر گونه قانونی در جمهوری اسلامی را داده است و خلخالی تنها مجری دستورات او بوده است.

کدیور از قول اسدالله مبشری وزیر دادگستری وقت در مورد محاکمه هویدا آورده است : «محاکمه ای در کار نبوده آنچه در روزنامه ها نوشتند حرف مفت بود. توی زندان او را کشتند بعد گفتند محاکمه اش کردیم!» مهدی هادوی دادستان وقت کل انقلاب نیز معتقد بود هویدا را قبل از اتمام تحقیقات و صدور کیفرخواست اعدام کرده اند! در محاکمه‌ی هویدا نه موازین شرع رعایت شد، نه آئین نامه غیرقانونی ۱۲ فروردین ۵۸، و نه موازین متعارف آئین دادرسی. این‌همه تخلف جز با اذن و پشتیبانی آقای خمینی ممکن نبود.  آقای خمینی از نخستین ساعات پیروزی انقلاب در بهمن ۱۳۵۷ نصب حکام شرع را شخصا آغاز نمود. از پائیز ۵۸ رهبری بدون اعتنا به شورای انقلاب منصوب خود امر خطیر تعیین حاکمان شرع را به دو نفر از شاگردان ارشدش در حوزه می‌سپارد. آنها هم که نه اهمیت مسئله را درک کرده بودند نه فرصت و نه دانش حقوقی و تجربه قضائی و سابقه‌ مدیریت داشتند این امر مهم را به دو روحانی دیگر سپردند! اسدالله مبشری نخستین وزیر دادگستری جمهوری اسلامی. پس از چهار ماه به اعتراض استعفا کرد. مهدی هاودی نخستین دادستان کل انقلاب و تنها غیرروحانی منصوب هم پس از شش ماه کناره گرفت. مبشری می گوید: قبل از انقلاب امام خمینی کسی بود که از کشتن مگس جلوگیری میکرد. او تاکید می‌کند که: خیال نمیکنم ایشان مخالف اعدام‌های دادگاه انقلاب بوده باشد. چرا که از کسی که با کشتن مگس مخالف بود تا کسی که با کشتن آدمها مثل مگس هیچ مخالف نبود عرض عریضی است. سیاست و قدرت با عرفان و فقه چه میکنند؟!

کدیور همچنین در مورد دخالت دادن شرع در قوانین دادگستری که آیت الله خمینی دستور آن را داده بود نوشته : آقای خمینی از آغاز «قضاوت شرعی» را به موازات «دادگستری قانونی» تعریف کرد، و بدون هرگونه‌ برنامه‌ مدونی اولی را تقویت و دومی را به‌شدت تضعیف کرد. عدم اطلاع آقای خمینی و شاگردانش از علم حقوق، عدالت قضائی، آئین دادرسی و توهمی که ایشان از «قضاوت اسلامی» داشتند، عملا تیشه به ریشه‌ی دادگستری زد. قوه‌قضائیه‌ پس از انقلاب تحقیقا ضعیف ‌ترین بخش جمهوری اسلامی بوده است. تاریخ حکم نصب خلخالی به حاکم شرعی ده روز بعد از اولین محاکمه و اعدام‌های اوست! در نخستین شب اعدام‌ها در پشت بام مدرسه رفاه اول اعدام کردند بعد کیفرخواست نوشتند! آقای خمینی معدومین دادگاه انقلاب را متهم نمی‌دانست تا نیازی به محاکمه داشته باشند، آنها چون جرم مشهود مرتکب شده‌اند محکوم بودند و کار دادگاه چیزی جز احراز هویت محکوم نیست!