از ۲۷ تیرماه تا ۲۹ مرداد سال ۱۳۶۷، حدود یک‌ماه، فاصله پذیرش قطع‌نامه ۵۹۸ ازسوی ایران تا برقراری آتش‌بس در جنگ با عراق است. تنها چند روز بعد از پذیرش قطع‌نامه و پیش از برقراری آتش‌بس نهایی، در تاریخ سوم مرداد ۱۳۶۷، سازمان مجاهدین خلق که مهم‌ترین گروه نظامی مخالف ایران محسوب می‌شد، طی عملیاتی نظامی که نام آن را فروغ جاویدان گذاشت، وارد ایران شد و کوشش کرد تا به‌سمت تهران پیشروی کند. این عملیات سه روز به‌طول انجامید و درنهایت با شکست مواجه شد.

گفته می‌شود که این عملیات، به بهانه‌ای برای تسویه‌حساب با زندانیان سیاسی مخالف حکومت در زندان‌ها تبدیل شد. هرچند که به‌نظر می‌رسد برنامه‌ریزی برای این کار از مدت‌ها قبل جریان داشت، اما حرکت ماشین کشتار در زندان‌ها، بعد از این ماجرا آغاز شد.

در نواری که مردادماه سال ۱۳۹۵ منتشر شد، صدای گفت‌وگوی آیت‌الله منتظری با هیات مرگ تهران ضبط شده بود و او همان‌جا درباره برنامه‌ریزی قبلی وزارت اطلاعات و سیداحمد خمینی برای این کشتار می‌گفت: «اطلاعات رویش نظر داشت و سرمایه‌گذاری کرد و شخص احمدآقا هم از سه‌چهار سال پیش می‌گفت که مجاهدین از روزنامه‌خوان، مجله‌خوان و اعلامیه‌خوان، همه باید اعدام شوند. این‌ها چنین فکری می‌کردند و حالا فرصت را مغتنم شمردند و با این جریانی که منافقین به ما حمله کردند، این را جا انداختند پیش امام، حالا هرجوری و … بالاخره از امام نوشته گرفتند و دادند دست افراد.»

در همان زمان، آیت‌الله موسوی‌اردبیلی، رییس دیوان‌عالی کشور نیز در نمازجمعه تهران، طی سخنانی تلویحا اعتراف کرد که عملیات نظامی سازمان مجاهدین، بهانه‌ای برای سرکوب آن‌ها در زندان بوده است. او گفته بود که «مساله منافقین برای ما مشکل بزرگی بود. [...] ما اگر جنگ را تمام می‏‌کردیم، تازه گرفتار مشکل منافقین بودیم. برای ما حل مشکل منافقین، به‌آسانی ممکن نبود و هزینه‏‌های فراوانی داشت، اما پیش از قبول قطع‏نامه، خداوند این مشکل را مثل آب‌خوردن حل کرد». (همپای انقلاب، خطبه‌های نمازجمعه آیت‌الله موسوی‌اردبیلی، صفحه ۳۸۵)

آنچه برای حکومت ایران مثل آب‌خوردن بود، در واقع بزرگ‌ترین قتل‌عام سیاسی معاصر تلقی می‌شد.

اوایل مرداد ۱۳۶۷، آیت‌الله خمینی طی حکمی دستور تشکیل هیات‌هایی برای بررسی پرونده‌های زندانیان مجاهد را داد و تاکید کرد: «کسانی که در زندان‌های سراسر کشور برسر موضع نفاق خود پافشاری کرده و می‎کنند، محارب و محکوم به اعدام می‎باشند.» او اضافه کرده بود: «رحم بر محاربین ساده‌اندیشی است. قاطعیت اسلام دربرابر دشمنان خدا، از اصول تردیدناپذیر نظام اسلامی است. امیدوارم با خشم و کینه انقلابی خود نسبت‌به دشمنان اسلام، رضایت خداوند متعال را جلب نمایید. آقایانی که تشخیص موضوع به‌عهده آنان است، وسوسه و شک و تردید نکنند و سعی کنند «اشداء علی الکفار» باشند.»

این حکم سرآغاز بزرگ‌ترین قتل‌عام زندانیان سیاسی در تاریخ معاصر ایران شد. در تهران، حسینعلی نیری (قاضی)، مرتضی اشراقی(دادستان) و مصطفی پورمحمدی (نماینده وزارت اطلاعات) و در شهرستان‌ها، قاضی شرع، دادستان و یا دادیار انقلاب و نماینده وزارت اطلاعات منطقه، هیات مرگ را تشکیل داده بودند. خمینی رای اکثریت را در این هیات‌ها، ملاک تصمیم نهایی تعیین نمود، هرچند که اضافه کرد، «احتیاط در اجماع» است. گفته می‌شود که در همان روزها، آیت‌الله خمینی حکمی دیگر نیز صادر کرده و متهمان چپ‌گرای داخل زندانها را هم شامل این کشتار بزرگ کرد. به این ترتیب، قتل‌عام‌های تابستان ۱۳۶۷، با زندانیان سازمان مجاهدین آغاز شد و در ادامه، زندانیان چپگرا و غیرمذهبی نیز به آن‌ها اضافه شدند.

از آنجا که اسناد این کشتار هنوز به‌طور کامل منتشر نشده و بخش بزرگی از ماجرا پنهان است، دوره زمانی اجرای این حکم و ابعاد آن در سراسر کشور، به‌صورت دقیق مشخص نیست.  برخی صاحب‌نظران ازجمله رضا معینی که سال‌هاست درباره این حادثه تحقیق می‌کند، معتقدند که «کشتار گسترده زندانیان از شبانگاه ۵ مردادماه ۱۳۶۷ و با فتوای آقای خمینی آغاز شده و دست‌کم تا ١٣ شهریور ۱۳۶۷ ادامه داشته است». او تاکید دارد: «بنابر شهادت بسیاری از جان‌به‌در بردگان و برخی از مسوولان جمهوری اسلامی، کشتار زندانیان چپ در روزهای نخست شهریور آغاز شده است.»

آیت‌الله منتظری درباره تعداد کشته‌شدگان در خاطراتش می‌نویسد: «مدتی ملاقات‌های زندانیان را تعطیل کردند و برحسب گفته متصدیان، با استناد به این نامه، حدود دوهزار و هشتصد یا سه‌هزار و هشتصد نفر زندانی -تردید از من است- از زن و مرد را در کشور اعدام کردند.»

بی‌شک تعداد اعدام‌شدگان، بسیار بیش از این تعداد بوده است. طبق آماری که کمیته دفاع از حقوق‌بشر در ایران منتشر کرده است، امروز حداقل نام چهارهزار و ششصد و هفتاد و دو تن از اعدامیان سال ۱۳۶۷، معلوم شده است. رضا معینی، یکی از محققان، تاکید می‌کند که «دست‌کم پنج‌هزار نفر» قربانی این کشتار بوده‌اند. البته برخی فعالان سیاسی از آمارهای  بیشتر از این نیز خبر داده‌اند.

ابعاد گسترده کشتار زندانیان سیاسی در تابستان سال ۱۳۶۷ چنان است که برخی حقوق‌دانان،  آن را مصداق جنایت علیه بشریت دانسته‌اند. ازجمله عبدالکریم لاهیجی، طی مقاله‌ای آن را از «مصادیق بارز جنایت‌های بر ضد بشریت» تعیین کرد. به‌جز آن، چند سال پیش در دادگاه نمادینی که با کوشش‌های کارزار ایران‌تریبونال و با حضور وکلا و حقوق‌دان‌های بین‌المللی تشکیل شد، این ماجرا به‌عنوان مصداق «جنایت علیه بشریت» شناخته و محکوم شد.