دو روز متوالی است که میان احمد خاتمی امام جمعه‌ی موقت تهران و ستاد انتخابات کشور نامه‌های اعتراضی رد و بدل می‌شود. روز گذشته پنجم خرداد احمد خاتمی امام جمعه‌ی موقت تهران در نماز جمعه، عملکرد ستاد انتخابات کشور را زیرسوال برد و  گفت: «گزارشات تخلفات در انتخابات این دوره خیلی زیاد است که البته به اصل انتخابات ضربه وارد نمی‌کند، اما مقصران آن باید محاکمه و به مردم معرفی شوند».

گفته‌های احمدخاتمی باعث شد که ستاد انتخابات کشور بلافاصله به آن واکنش نشان داده و نامه ای به سیدرضا تقوی رئیس شورای سیاستگذاری ائمه جمعه  کشور ارسال کند.

در بخشی از نامه اعتراضی ستاد انتخابات کشور آمده بود: « از تریبون خطبه‌های نماز جمعه مورخ ۱۳۹۶/۳/۵ که قاعدتا باید منادی وحدت و عدالت باشد، مطالبی نادرست و بعضا کذب در راستای تفرقه و انشقاق در تجلی مردم سالاری دینی نسبت به عملکرد مجریان و ناظران انتخابات ۲۹ اردیبهشت مطرح شد که علاوه بر اجحاف و ظلم در حق تمامی برگزار کنندگان انتخابات، مغایر با سخنان رهبری  بود. بنابراین خواهشمند است بر اساس اصل دینی رعایت عدالت و تقوی هفته آینده فرصتی برای پاسخگویی به شبهات و مطالب ناصواب به وزارت کشور اختصاص یابد تا به ارائه توضیحات دقیق و منطبق بر واقعیات اقدام نماید. در ضمن پیگیری قانونی مطالب خلاف واقع را بخشی از رعایت حقوق مردم می‌دانیم».

در پی انتشار این نامه، امروز شنبه ششم خرداد، احمد خاتمی با ارسال بیانیه‌ای نسبت به نامه ستاد انتخابات واکنش نشان داد و آن را سو‌ء تفاهم دانست. خاتمی در بخشی از نامه خود چنین آورده است: «همه ما باید تسلیم قانون باشیم که رعایت آن هم تکلیف شرعی و هم تکلیف قانونی است. این مکتوب را جهت تصحیح سوء تفاهم نوشتم هرگز درصدد تخریب شما نبوده و نیستم توفیق روزافزون شما خدمتگزاران را در جهت خدمت به مردم از ذات مقدس ربوبی خواستارم».
خاتمی همچنین بالابردن ظرفیت نقد را به همگان توصیه و تصریح کرد: «توصیه می‌کنم ظرفیت خود را در تحمل نقد بالا ببرید و ببریم که این لازمه خدمت در مسندی کلیدی است. به صراحت می‌گویم اجرای پروژه بزرگ انتخابات کاری سخت و طاقت‌فرسا بود که شما آن را تحقق بخشیدید و از این بابت هم تشکر می‌کنم هم خسته نباشید می‌گویم ولی اجازه دهید خطیب جمعه حرف مردم را (لااقل بخشی) از آنها را بزند و ‌آنها را مدیریت کند تا تسلیم نهادی قانونی مثل شورای نگهبان باشند» .

امام جمعه‌ی موقت تهران درخصوص تخلف صورت گرفته در روز انتخابات  گفت: «آنچه در رابطه با تخلف به صورت گزارش شده است، گفتم همان است که دبیر محترم شورای نگهبان در جلسه هیأت رئیسه خبرگان گفته است، عین گفته ایشان این است: «اما تخلفات بسیاری هم شد که بخشی از آن متوجه مسئولان بود که تخلفات بسیاری کردند».

دوازدهمین دورهٔ انتخابات ریاست جمهوری ایران در روز جمعه ۲۹ اردیبهشت ۱۳۹۶ برگزار شد. طبق نتیجه رسمی حسن روحانی با کسب ۵۷٪ آرا مجدداً به عنوان رئیس جمهور ایران انتخاب شد. برخی جناح اصولگرا،  نسبت به انتخابات  این دوره ریاست جمهوری واکنش نشان داده و مدعی شدند که در این دوره تخلف صورت گرفته است.