اسحاق جهانگیری، معاون اول رئیس جمهور ایران، روز پنجشنبه ششم مهرماه، در تماسی تلفنی با بن‌علی ییلدیریم، نخست وزیر ترکیه، درباره همه‌پرسی اقلیم کردستان عراق و راهکاهاری دو کشور برای  مقابله با پیامدهای آن گفت‌وگو کرد. او در این تماس تاکید کرد که مبنای ما مصوبات مجلس عراق و تصمیمات دولت العبادی بوده و قانون اساسی عراق باید محور باشد و باید بغداد را در مدیریت اوضاع قویا حمایت کنیم.
به گزارش ایرنا، وی هشدار داد: «به هیچ وجه نباید اجازه دهیم که مرزهای بین المللی مخدوش شود و باید از تمامیت ارضی عراق و سوریه به طور کامل حمایت کنیم و همبستگی ایران و ترکیه در این راستا بسیار مهم و تاثیرگذار است.»
این عضو کابینه دوازدهم گفت وگوهای سه جانبه ایران، ترکیه و عراق، در سطح دستگاه‌های اطلاعاتی و وزرای امور خارجه را مفید ارزیابی کرد و وحدت رویه در مدیریت شرایط کنونی را ضروری دانست. جهانگیری افزود: «رایزنی‌های ما در بغداد تداوم دارد و تلاش می‌کنیم تحولات بعد از همه‌پرسی مدیریت گردد.»

نخست وزیر ترکیه نیز در این تماس تلفنی برگزاری همه پرسی در شمال عراق را یک اشتباه استراتژیک خواند و تصریح‌کرد: «این مساله در نتیجه زیاده‌خواهی برخی افراد بوده و باعث برهم خوردن آرامش در سطح منطقه شده است.» ییلدریم تاکید کرد:«ایران، ترکیه و عراق باید به عنوان کشورهای همسایه ابتکار عمل بیشتری از خود نشان دهند و به همکاری و هماهنگی‌های خود بیفزایند.»
نخست‌وزیر ترکیه با اشاره به گفت وگوی تلفنی خود با نخست وزیر عراق خاطرنشان کرد: «ما برای تمامیت ارضی عراق و سوریه اهمیت فراوانی قائل هستیم و با تجزیه این کشورها و ایجاد دولت‌های ساختگی در منطقه مخالفیم.»
وی همچنین بر لزوم حمایت از عراق تأکید کرد و گفت: «عراق نیز باید همکاری های خود را با ایران و ترکیه افزایش دهد؛ چرا که گسترش روابط و هماهنگی‌های سه جانبه میان ایران، ترکیه و عراق بسیار راه گشا خواهد بود.»

ایران و ترکیه با استقلال اقلیم کردستان به شدت مخالفت کرده‌اند و اعلام کردند که آن‌را به رسمیت نمی‌شناسند. آنکارا، مسعود بارزانی، رئیس اقلیم را به‌دلیل برگزاری رفراندوم اقلیم کردستان «خیانت‌کار» خواند. یک روز قبل از برگزاری رفراندوم استقلال اقلیم کردستان، سپاه پاسداران و ارتش دو رزمایش جداگانه در غرب ایران انجام دادند و همزمان ایران از بستن مرزهای هوایی خود با اقلیم کردستان به درخواست دولت مرکزی عراق خبر داد.
علی مطهری، نایب رئیس مجلس شورای اسلامی سوم مهرماه گفت نباید بیش از حد نسبت به برگزاری این همه‌پرسی حساسیت نشان داد. او در عین حال نسبت به هرگونه اقدام احتمالی خشونت‌آمیزعلیه اقلیم کردستان هشدار داد.

دولت مرکزی بغداد نیز همه‌پرسی را رد کرده و حیدر عبادی، نخست‌وزیر آن کشور، گفته‌است مذاکره‌ای با اقلیم بر سر نتیجه همه‌پرسی نخواهد کرد.