حمید بقایی که برای حضور در دومین جلسه رسیدگی به پرونده‌اش  وارد دادگاه ویژه کارکنان دولت مستقر در ساختمان شماره ۲ قوه قضاییه شده بود،  پس از پایان دادگاه به همراه وکلایش محل برگزاری دادگاه را ترک کرد.
به گزارش ایسنا، حمید بقایی معاون رییس جمهور در دولت نهم و دهم، در بدو ورود به شعبه ۱۰۵۷ دادگاه ویژه کارکنان دولت مدعی شد: این دادگاه سیاسی است. او به خبرنگاران گفت که از سال ۹۰ تا به امروز عده‌ای ما را متهم به فساد و جریان انحرافی کردند.

بر اساس گزارش‌ها، علی‌اکبر جوانفکر نیز قبل از ورود بقایی به دادگاه در محل حضور یافت، ولی اجازه حضور در دادگاه به او داده نشد.
اولین جلسه رسیدگی به پرونده حمید بقایی در تاریخ ۲۵ مهر ماه در شعبه مذکور برگزار شد.
علی اصغرحسینی، وکیل مدافع حمید بقایی بعد از اتمام نخستین جلسه دادگاه  از روند رسیدگی به پرونده ناراضی و گفت: «از نظر ما کیفرخواست دارای ایرادات شکلی بود. روند رسیدگی دادسرا از نظر ما ایراداتی داشت که آنها را مطرح کردیم و دادگاه ایرادات را پذیرفت.»
حسینی می‌گوید موارد اتهامی در حد تخلف است و هیچ کدام جرم نیست، ولی برای همه دفاع داریم و دفاعیات را بعد از این‌که کیفرخواست اصلاح شد به دادگاه ارایه می‌دهیم.

بقایی در روز یکشنبه ۱۸ تیر ۱۳۹۶ با حکم بازپرس پرونده سابق خود از مقابل خانه‌اش بازداشت و پس از تعیین وثیقه ۵۰ میلیارد تومانی در دادسرا و تهیه نشدن آن زندانی شد.

در ۲۵ تیر ۱۳۹۶ غلامحسین محسنی اژه‌ای در یک نشست خبری اتهامات حمید بقایی را «تصرف غیرمجاز، اختلاس و تبانی در معاملات دولتی» اعلام کرد. اژه‌ای همچنین گفت: «در روزهای اول هم که تحقیق انجام می‌شد، مورد دیگری مطرح شد که دو میلیون یورو در اختیار متهم (حمید بقایی) بوده که این را باید به جای دیگری می‌داده، ولی این در هیچ جایی ثبت و ضبط نشده که این موضوع هم باید پیگیری شود.»