جمعی از استادکاران و کارشناسان کاشیکاری و مرمت آثار تاریخی در اصفهان، در نامه‌ای سرگشاده به اسحاق جهانگیری، معاون اول رییس جمهوری اسلامی ایران، مرمت گنبد مسجد شیخ لطف‌الله را «فاجعه» خواندند و ضمن توضیح درباره «جوانب مختلف اقدام نسنجیده و غیر شفاف و خطرناک وزارت میراث فرهنگی»، خواستار «پیگیری و جلوگیری از ادامه تخریب چهره فرهنگی و آبروی اصفهان و ایران» شدند.

در این نامه که روز یکشنبه ۲۰ بهمن، در رسانه‌های ایران منتشر شده، آمده است: «طی چند ماه اخیر وزارت میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری اقدام به مرمت پوسته بیرونی گنبد مسجد شیخ لطف‌الله اصفهان کرده است، لیکن مشکلات چشمگیر در نحوه مرمت و عدم شایسته‌سالاری در انتخاب پیمانکار و ناظر، منجر به ایرادات فراوان شده و احتمالا خسارات جبران‌ناپذیری به آن میراث منحصر به فرد، وارد آورده و ضروری است به فوریت از ادامه کار با این روش و با این گروه مرمتی، جلوگیری شود.»

در این نامه، نقل قول‌هایی از برخی از کارشناسان مرمت آورده شده که اشکالات فنی مرمت این گنبد را شرح داده‌اند و پرسیده‌اند که «از کدام یک از متخصصین مرمت در دانشگاه‌ها برای بررسی طرح مرمت این گنبد نظرخواهی شد؟»

همچنین امضاکنندگان این نامه با استناد به قانون مجازات اسلامی ایران که مجازات‌هایی را برای تخریب اموال تاریخی و فرهنگی در نظر گرفته، خواستار برخورد با خاطیان و تخریب‌کنندگان این اثر تاریخی شدند. 

مسجد شیخ لطف الله که چهار قرن پیش در ضلع شرقی میدان نقش جهان ساخته شده، در سال ۱۳۱۳ به ثبت ملی و در سال ۱۳۵۸ در فهرست یونسکو به ثبت جهانی رسید. 

از یک سال پیش که عملیات مرمت ترک‌های این گنبد آغاز شد، کارشناسان میراث فرهنگی بارها نسبت به شیوه مرمت این گنبد اعتراض کرده‌اند.

به تازگی مهدی حجت، رییس کمیته ملی ایکوموس ایران، نیز درباره مرمت گنبد مسجد شیخ لطف‌الله، گفت که این مرمت «هزار اشکال دارد.»

همچنین انتشار تصاویری از این گنبد هنگام بارش برف در اصفهان، که برف روی قسمت مرمت‌شده گنبد ننشسته بود، واکنش‌هایی را برانگیخت و مقام‌های دولتی این عکس‌ها را «فتوشاپ» خواندند.

همزمان تازه‌ترین تصاویر منتشر شده از برج طغرل، مهم‌ترین برج سلجوقی، نشان می‌دهد که این برج کج شده است. 

احمد ابوحمزه، کارشناس آثار تاریخی به روزنامه شهروند، چاپ تهران گفت: «در ١٠٠ متری و ٢٠٠ متری برج در برخی نقاط، ‏گودال‌هایی ایجاد شده و خاک نشست کرده است و این نشست‌ها و خالی شدن منابع آب زیرزمینی به این ‏برج ضربه می‌زند.»‏

با این حال، رییس کمیته میراث فرهنگی شورای شهر تهران، روز یکشنبه 20 بهمن، اعلام کرد: «برج طغرل کج نشده، اما سازمان میراث فرهنگی باید با استفاده از دستگاه‌های مخصوص، نظر نهایی خود را در این مورد اعلام کند.»

کارشناسان میراث فرهنگی درباره تخریب برج گنبد کبود مراغه نیز هشدار داده‌اند. همچنین در آبان‌ماه، رسانه‌های ایران اعلام کردند که اثر تاریخی «مهرابه» در شهر مراغه که یکی از چهار معبد مهم مهرپرستی (میترائیسم) در جهان است، در حال تخریب است.