در واکنش به خبر تلاش حسن خمینی برای انتقال مخزن موزه ملی ایران به محل دفن روح الله خمینی (پدربزرگش)، علیرضا بای، سخنگوی وزارتخانه میراث فرهنگی، گردشگری و صنایع دستی اعلام کرد: «قرار نیست مخزن موزه ملی و اشیای آن به این مکان منتقل شود.»

بای، روز سه‌شنبه ۱۴ مرداد، در این زمینه ادامه داد: «در همه جای دنیا علاوه بر مخازن اصلی موزه‌ها، مخازن امن دیگری در مواقع اضطراری مانند جنگ، سیل، زلزله و... برای انتقال آثار و حفاظت از آن‌ها در نظر می‌گیرند. یکی از مکان‌هایی که می‌توان به عنوان مخزن امن در شرایط اضطراری به دلیل ساختار ساختمانی استانداردی که دارد از آن استفاده کرد، فضایی بالغ بر ۲۵ هزار متر مربع است که در شهر آفتاب قرار دارد.»

او ادامه داد: «اگر استانداردهای جهانی که مدنظر ماست، در نظر گرفته شود، می‌توان به عنوان یک مخزن امن برای موزه ملی در مواقع اضطراری از این مکان استفاده کرد.»

این در حالی است که بر اساس اظهارنظر بسیاری از موزه‌داران، بهترین گزینه برای ایجاد مخزن امن برای موزه ملی ایران، «چند متر آن طرف‌تر» یعنی ساختمان وزارت امورخارجه ایران است که حتی تصویب هیات دولت را نیز دارد.

سخنگوی وزارت میراث فرهنگی پیشتر در توییتی نوشته بود: «بناست با ساخت مجموعه‌ای استاندارد، بر طرفیت موزه‌ای کشور افزوده شود. در صورت رعایت استانداردها، برخی آثار مکشوفه پس از انقلاب به نمایش در می‌آید».

پیشتر یک سایت خبری صدای میراث، از مذاکرات پنهانی حسن خمینی، نوه روح‌الله خمینی، با وزارت میراث‌فرهنگی، گردشگری و صنایع‌دستی برای انتقال مخزن موزه ملی ایران به مقبره خمینی در جنوب تهران خبر داد و نوشت که وزیر میراث‌فرهنگی توانسته محمدباقر نوبخت، معاون روحانی و رییس سازمان برنامه و بودجه کشور را برای دریافت «بودجه کلانی از دولت» به منظور راه‌اندازی موزه شماره دو مقبره قانع کند.

این موزه قرار است در فضای ۴۰ هزار متر مربعی زیر زمین مقبره تاسیس شود و بخشی از این فضا نیز به «بازارچه و نمایشگاه دائمی صنایع‌دستی» اختصاص یابد. همچنین قرار است «آثار حاصل از تمامی کاوش‌های باستان‌شناسی در مناطق مختلف کشور در دوران پس از انقلاب»، شامل «آثار دوره پارینه سنگی تا دوره قاجار» به زیرزمین مقبره خمینی منتقل شود.

محمدحسن طالبیان، معاون میراث فرهنگی، به حسن خمینی تضمین داده که «۲ تا ۳ هزار اثر» تاریخی به موزه شماره ۲ مرقد منتقل خواهد شد. با توجه به شرایط بحرانی اقتصاد ایران، سایت صدای میراث تاکید کرد: «ویترین‌هایی که برای نمایش آثار دوره پارینه سنگی و قاجار نیازمند ویژگی‌های مشخص هستند، هریک حدود دویست میلیون تومان هزینه دارند.»

این در حالی است که تولیت این مقبره اکنون در حال ساخت موزه شماره یک است که به زندگی روح‌الله خمینی اختصاص دارد. این موزه شامل سه طبقه و در فضایی به مساحت ۹ هزار متر مربع ساخته شده که قرار بود پایان سال ۹۸ گشایش یابد اما «به دلیل وضعیت بد اقتصادی افتتاح این موزه به تعویق افتاد».