جنگ ایران و عراق در سال۱۳۶۷ به شکلی سنگین آغاز شد. از زمستان سال۱۳۶۶ عراق که گمان می‌کرد امکان پیروزی دارد، جنگ شهرها را در وسیع‌ترین شکل ممکن آغاز کرد. این پنجمین و سنگین‌ترین جنگ شهرها بود که حتی کارکنان ادارات دولتی نیز از تهران بیرون رفتند.

زمان امتحانات مدارس بود و بچه‌ها نیاز به یافتن مدرسه‌ای دور از موشکباران داشتند. در برخی موارد دولت اعلام کرد که کارکنان به شکل نظامی در ادارات حاضر شوند. گستردگی دامنه حملات جز تهران به قم، اصفهان، دزفول و اغلب شهرهایی کشیده شد که در جبهه داوطلبان بیشتری از آن شهرها حضور داشتند. همزمان با این موشکباران‌ها حملات زمینی نیز تشدید شد و شایعه حملات شیمیایی، بیولوژیک و نوترونی در جامعه مطرح بود. برخی به دنبال تهیه ماسک‌های مخصوص می‌گشتند. حتی شایعه آلوده شدن آب سدها با عوامل میکروبی و شیمیایی در میان مردم پیچیده بود.

موضوع آموزش نظامی و پناهگاه ضد شیمیایی یک موضوع عادی شده بود. عراق آنقدر فشار آورده بود تا ایران راضی به پذیرش قطعنامه شود. حملات زمینی مجاهدین خلق در مناطق ایلام و دهلران و مهران و نقاط دیگر هم مزید بر علت بود. این وضعیت در حالتی بود که عراق قطعنامه ۵۹۸ را بلافاصله پس از اعلام آن پذیرفته بود و حکومت در فشار افکار عمومی داخل کشور نیز قرار داشت.

در این مرحله از جنگ شهرها، عراقی‌ها در طول قریب به ۵۰ روز به شلیک ۱۸۹ موشک اقدام کردند. بیشتر موشک‌های عراقی از نوع الحسین بود که موشک اسکاد-بی اصلاح و تولید شده در عراق بود. از این تعداد ۱۳۵ فروند در تهران، ۲۳ فروند در قم، ۲۲ فروند در اصفهان و تعدادی در تبریز و شیراز و کرج فرود آمد. این حملات بیش از ۲ هزار ایرانی را کشت و حدود یک‌چهارم جمعیت تهران، پایتخت ایران، را فراری داد. ایرانی‌ها در پاسخ به این موشک‌باران با شلیک ۷۵ تا ۷۷ موشک هواسونگ-۵ - مدل تولید کره‌شمالی اسکاد - به این حمله پاسخ دادند. بیشتر اهداف نیروهای نظامی ایران در شهر بغداد بودند.

در چنین وضعیتی با توجه به اینکه ایران تحت بمباران شیمیایی هم قرار گرفته بود، روز دوازدهم تیر۶۷ هواپیمای مسافربری شماره ۶۵۵ ایرباس تهران به دوبی،، با ۲۹۰ مسافر مورد اصابت دو موشک توسط ناخدا راجرز از ناو وینسنس آمریکا قرار گرفت و همه مسافران و خدمه پروازی کشته شدند. ایران از شورای امنیت در حالی درخواست بررسی این جنایت جنگی را کرده بود که قطعنامه‌های پیشین شورای امنیت را نپذیرفته بود. سیزده روز بعد آیت الله خمینی در جلسه‌ای با اشاره به نامه‌ای از محسن رضایی فرمانده وقت سپاه گفته بود:

«فرمانده نوشته است تا پنج سال دیگر ما هیچ پیروزی نداریم. ممکن است در صورت داشتن وسایلی که در طول پنج سال به دست می‌آوریم قدرت عملیات انهدامی  یا مقابله به مثل را داشته‌ باشیم و بعد از پایان سال ۷۱ اگر ما دارای ۳۵۰ تیپ پیاده و ۲۵۰۰ تانک و ۳۰۰۰ توپ و ۳۰۰ هواپیمای جنگی و ۳۰۰ هلیکوپتر باشیم و قدرت ساخت مقدار قابل توجهی از سلاح‌های لیزری و اتمی که از ضرورت‌های جنگ در آن موقع است، داشته باشیم می‌توان گفت به امید خدا بتوانیم عملیات آفندی داشته باشیم. وی می‌گوید قابل ذکر است که باید توسعه نیروی سپاه به هفت برابر و ارتش به دو برابر و نیم افزایش پیدا کند، او آورده است البته امریکا را هم باید از خلیج فارس بیرون کنیم والا موفق نخواهیم بود.»

رهبر سابق ایران طعنه زده بود که فرمانده سپاه «البته با ذکر این مطالب می‌گوید باید باز هم جنگید که این دیگر شعاری بیش نیست.»

یک روز بعد، بیست و ششم تیر سال ۶۷، آیت الله خامنه‌ای رئیس جمهور نامه تسلیم ایران و پذیرش قطعنامه ۵۹۸ را اعلام کرده و سه روز بعد آیت الله خمینی اعلام کرده بود که پذیرش قطعنامه برایش در حکم نوشیدن جام زهر بود. البته احمد عزیزی شاعر جانبدار جنگ و از دوستان نزدیک میرحسین موسوی پس از شنیدن این موضوع قطعنامه۵۹۸ را به « قطع نامه دست حضرت عباس» تشبیه کرده بود. حسین پاکدل مجری برنامه‌های جنگی صدا و سیما نیز این شعر را با لحنی احساساتی خوانده بود.

دو روز بعد از این اتفاق مسعود رجوی، رهبر سازمان مجاهدین خلق، در اردوگاه اشرف در جمع مجاهدین خلق که برای عملیات فروغ جاودان ( و همزمان با آن عملیات مرصاد) می‌رفتند، گفته بود ما تا ۴۸ ساعت دیگر در تهران خواهیم بود. وی گفته بود که تحت حمایت جنگی نیروی هوایی عراق این عملیات صورت می‌گیرد. شاید این پایان، کابوس صدام حسین را از اینکه با این گروه وسیع از مجاهدین پس از پایان جنگ باید چه کند، خاتمه داد. نیروهای مجاهدین خلق در فاصله طولانی مرز تا تهران توسط نیروی نظامی سرکوب و کشته یا دستگیر شدند. همزمان با لحظاتی که آخرین اسرای مجاهد وارد زندان اوین می‌شدند اعدام‌هایی آغاز شده بود که تا دو ماه ادامه داشت. بین دو تا ۴۸۰۰ نفر در عرض دو ماه اعدام شدند.

گفته می‌شود که اعدام‌ها تا دو ماه در تهران و تا مدت‌ها بعد در شهرستانها انجام شد. روز پنجم مهر به یک گفته روز پایان اعدام‌ها بود. روز ۲۵ بهمن همان سال وزیر اطلاعات در یک مصاحبه مطبوعاتی اعلام کرد که بخش اعظم زندانیان گروهکی و سیاسی مورد عفو رهبر انقلاب قرار گرفته‌اند و تا نوروز آزاد می‌شوند. روزنامه‌ها خبر آزادی این افراد را دادند و در واقع زندان اوین از زندانی سیاسی خالی شد. آنها که لازم بود کشته شده بودند و آنها که لازم نبود آزاد شده بودند. برخی معتقدند این نظر اسدالله لاجوردی بود که گفته بود سیستم تواب بازی جواب نمی‌دهد، یا اعدام شان کنیم یا آزاد کنیم. همین اتفاق صورت گرفت.