عموم حکومت‌های غیردمکراتیک و دیکتاتوری از بدو روی کار آمدنشان سرکوب آزادی‌ها را آغاز می‌کنند. اما حکومت اسلامی در ایران قبل از کسب قدرت و روی کار آمدن با حمله به تظاهرات جداگانه‌ای که در روز عاشورا برگزار شده بود، سرکوب دگراندیشان را آغاز کرد. سپس اعدام‌های روی پشت‌بام مدرسه رفاه شروع شد و هر کجا بازماندگان رژیم قبل را یافتند از خرد و کلان به جوخه اعدام سپردند. بعد نوبت به بهائیان و کردها و ترکمن صحرا و خوزستانی‌ها و بعدها فشارها به مجلات و روزنامه‌ها و سایر اقلیت‌های مذهبی رسید. در ادامه با تثبیت بیشتر قدرت موج وسیع و گسترده دستگیری‌ها و اعدام‌های دهه شصت آغاز شد که تمامی سازمان‌ها احزاب گروه‌ها و تشکل‌ها را به نوبت در برگرفت. دریغ و درد که این روند به درجات و انحاء گوناگون همچنان ادامه دارد.

اما  آنچه که اعدام‌های سال ۶۷ را از دیگر اعدام‌های رژیم اسلامی از جنبه حقوقی متمایز می‌سازد - به طور خلاصه- این نکته است که تمام افراد اعدام شده دارای حکم زندان بوده‌اند. البته در میان اعدامیان کم نیستند کسانی که حتی حکمشان پایان یافته بود. بدین معنا که در مقطع دستگیری بر اساس اطلاعات و مدارک و شواهدی که مسئولان زندان از فرد دستگیر شده داشتند (یا حتی نداشتند) را در محکمه‌هایی که  خودشان محاکمه کرده، قاضی شرع مورد تایید زندان حکمی برای متهم تعیین کرده است که بر اساس قانون مورد تایید حکومت و حکم قاضی جزای فرد متهم محسوب می‌شد. لذا برای اعدام آن‌ها در سال ۶۷ هیچ مدرک و دلیل قانونی وجود ندارد.

اعدام زندانیان سیاسی در تابستان ۶۷ واقعه‌ای بود که طبق اسناد و مدارک به دست آمده به حکم آیت الله خمینی مبنی بر کشتن تمام زندانیانی که ابراز ندامت نکرده و سر موضع هستند، انجام گرفت. طبق اسناد منتشر شده توسط «بنیاد برومند» این احکام در دو نوبت صادر شده‌اند. حکم اول در تاریخ ۶ مرداد که تاکید آن بیشتر بر مجاهدین زندانی است و دومی ۵ شهریور که زندانیان چپ را شامل می‌شود.

توجیهی که برای حکم اول ارائه می‌شود حرکت نظامی فروغ جاویدان سازمان مجاهدین است. حال آنکه این زندانیان اعدام شده از مدت‌ها قبل چه بسا سال‌ها پیش از این عملیات در زندان بسر می‌بردند و در تصمیم و انجام آن عملیات هیچ دخالت و مشارکتی نداشتند. هرگز دادگاهی برگزار نشد و برگه اتهامی مبنی بر همکاری و شرکت درآن عملیات برای متهمان صادر نشد. در بازپرسی‌های ناگهانی و بی‌مقدمه در طی مطرح کردن دو یا سه سوال درحالی که زندانیان به پی‌آمدهای مرگبار پاسخ‌هایشان آگاه نبودند- به تفتیش عقاید پرداخته و سپس آنان را به جوخه‌های اعدام سپردند. پر واضح است که این اعدام‌ها  بر اساس هیچ اقدام یا عملکردی که از جانب زندانیان سر زده باشد، انجام شده است. در واقع زندانیان صرفا بدلیل تبعیت از وجدان خویش و عدم حمایت از نظام سرکوبگر و غیر دمکراتیک جانشان را از دست دادند. بدین طریق هیچیک از اصول آیین دادرسی کیفری در این کشتار چند هزار نفری رعایت نشده است.

حکم صادر شده دوم در تاریخ ۵ شهریورهمان سال که در ارتباط با زندانیان چپ  است، مبتنی بر حکم ارتداد بود. زندانیان مردی که از خانواده‌های مسلمان بودند و نماز نمی‌خواندند اعدام می‌شدند و زنان روزی پنج بار شلاق زده می‌شدند تا یا نماز بخوانند یا بمیرند.

کاملا روشن است این اعدام‌ها تنها و تنها به دلیل اعتقادات مذهبی آن‌ها بوده است. این در حالی‌است که ارتداد در حقوق بین‌الملل جرمی نیست که مستوجب مجازات مرگ باشد. به زبان دیگر، آنان همگی قربانیان عقاید و نظراتشان شدند بدون آنکه اقدامی کرده باشند. وقتی که چند ماه بعد آیت الله خمینی فتوای قتل سلمان رشدی را صادر کرد، بسیاری از دولت‌ها همین موضع را اتخاذ کردند  و بر جهانیان روشن شد که اعدام‌های ۶۷ بر خلاف ادعای حکومت اسلامی به دلیل جاسوسی و تروریست بودن یا شورش در زندان نبوده است. بلکه آنان مخالفان ایدِئولوژیک یک نظام دین سالار غیر دمکراتیک بودند که در طی یک نسل کشی از بین رفتند.

طبق آماری که آیت الله منتظری اعلام کرده حدود ۳ هزار و ۸۰۰  زندانی اعدام شده‌اند. آن‌ها به شکلی مخفیانه اعدام و در گورهای دسته جمعی دفن شدند. مقامات ارشد حکومت اسلامی پس از سال‌ها و به‌دنبال مطرح شدن و پی گیری مسئله در مجامع بین‌المللی این کشتار را دیگر انکار نمی‌کنند و آنرا برای حفظ نظام ضروری می‌دانند. اما همچنان خانواده‌ها و بازماندگان این قربانیان نشان و اثر یا گوری از عزیزان از دست رفته‌شان ندارند وهنوز نمی‌توانند برای فرزند یا همسر گمشده‌شان مراسم یاد بود و عزاداری بگیرند.