علی مطهری، نائب رئیس مجلس شورای اسلامی روز سه‌شنبه چهارم مهرماه در حاشیه نشست علنی مجلس شورای اسلامی در جمع خبرنگاران درباره موضوع برگزاری همه‌پرسی اقلیم کردستان گفت:‌ «لازم نیست در مورد استقلال کردستان عراق بیش از حد حساسیت نشان دهیم، بلکه باید مردم کردستان عراق را قانع کنیم که استقلال اقلیم به صلاح‌شان نیست.»
به گزارش ایلنا، مطهری افزود: «بهتر بود تلاش بیشتری می‌کردیم تا این اتفاق نمی‌افتاد اما حال که همه‌پرسی استقلال در اقلیم کردستان برگزار شده و به نظر می‌رسد رأی نیز خواهد آورد، نباید بیش از حد حساسیت نشان دهیم.» علی مطهری با اشاره به این‌که برگزاری این همه پرسی لزوما به معنای استقلال اقلیم کردستان عراق نیست، درخصوص اقدامات ایران در این زمینه تصریح کرد: «اقداماتی انجام شده و مقاماتی از سوی ایران از جمله سردار سلیمانی به منطقه رفته و هشدارهای لازم را داده‌اند، اما نباید فراموش کنیم که این طرحی بین‌المللی است که با مدیریت آمریکا و اسرائیل در حال انجام است.»

او افزود: «به نظر می‌رسد آمریکا به ظاهر می‌گوید با استقلال کردستان عراق مخالف است.»
سخنان علی مطهری درباره طرح آمریکا برای استقلال کردستان عراق درحالی است که آمریکا پیشتر مخالفت خود را با این همه‌پرسی اعلام کرد و گفت که انجام این رفراندوم می‌تواند مبارزه با داعش را تحت‌تاثیر قراردهد. یک روز بعد از برگزاری رفراندوم اقلیم کردستان، وزارت خارجه آمریکا اعلام کرد که از برگزاری  این همه‌پرسی «عمیقا ناامید» شده و هشدار داد که این موضوع ممکن است «به افزایش بی‌ثباتی» و «سختی بیشتر برای اقلیم کردستان و شهروندان آن» بیانجامد.

علی مطهری در ادامه سخنان خود نسبت به هرگونه اقدام احتمالی خشونت‌آمیزعلیه اقلیم کردستان هشدار داده و گفته است: «باید دقت کنیم که اقدامات خشونت‌آمیز نیز لزوما به صلاح نیست.»

همه‌پرسی استقلال اقلیم کردستان روز دوشنبه سوم مهرماه برگزار شد. مقامات اقلیم اعلام کرده اند که نزدیک به ۷۲ درصد از واجدان شرایط شرکت در همه‌پرسی «استقلال» شرکت کردند و نتایج اولیه شمارش آرا نشان می‌دهد که طرفداران «استقلال» پیشتاز این رفراندوم هستند.

دوشنبه شب با پایان یافتن زمان رأی‌گیری، حیدرالعبادی، نخست‌وزیر عراق در تلویزیون دولتی این کشور هرگونه گفت‌وگو در این زمینه با مقامات اقلیم را رد کرد و گفت ما برای بحث در این زمینه «آمادگی» نداریم، چرا که این همه‌پرسی را «غیرقانونی» می‌دانیم. نخست‌وزیر عراق افزود: «با جدایی اقلیم از عراق، مشکلات این منطقه «افزایش» خواهد یافت.» وی مشکلات اقتصادی و مالی موجود در اقلیم را ناشی از «فساد» اداری و مدیریتی عنوان کرده‌است.
مسعود بارزانی، رئیس اقلیم کردستان عراق اعلام کرده که نتایج این همه‌پرسی «الزام‌آور» نیست و این همه‌پرسی باهدف مشروعیت بخشیدن به مذاکرات با بغداد بر سر استقلال اقلیم کردستان از عراق انجام گرفته‌است.