علی مطهری، نایب رئیس مجلس شورای اسلامی با ارسال نامه‌ای به رئیس شعبه اول دادگاه نظامی از متهمان پرونده خواست که آمر اصلی حمله به او در اسفند ۹۳ در فرودگاه شیراز را معرفی کنند. این درخواست پیش از برگزاری جلسه دادگاه توسط او مطرح شده بود.

مطهری در این نامه  اعلام کرد: در صورت معرفی «آمر اصلی» موضوع اعلام رضایت از «آمران» این حادثه که دادگاه‌ آنها درحال برگزاری است را بررسی خواهد کرد.

نایب رئیس مجلس شورای اسلامی،  در بخش‌هایی از نامه خود گفته است: «از متهمان آمریت در آن حادثه انتظار دارم که آمر اصلی را که همه می‌شناسیم و متاسفانه ارتقاء پیدا کرد، معرفی کنند تا از جرم آن‌ها کاسته شود،  در این صورت اینجانب نیز مساله رضایت را بررسی خواهم کرد.»

روز شنبه ۱۱ شهریورسال جاری، جلسه محاکمه «آمران» حمله به علی مطهری در شعبه اول دادگاه نظامی یک استان فارس برگزار شد.

به گفته‌ی مصطفی ترک همدانی وکیل علی مطهری، این جلسه ۶ ساعت به طول انجامید.  در این جلسه متهمین در دفاع از خود، آمر اصلی در فراخوان نیروها برای تجمع در فرودگاه شیراز معرفی کردند.

در اسفندماه ۱۳۹۳، علی مطهری، نماینده‌ی مجلس زمانی که برای سخنرانی در دانشگاه شیراز به این شهر سفرکرده بود، مورد حمله‌ی افرادی قرار گرفت که خواستار لغو سخنرانی او بودند. در این حمله، اتومبیل حامل این نماینده مجلس به‌شدت تخریب شد. علی مطهری از این افراد شکایت کرد و در مراحل مختلف بررسی پرونده در مراجع قضایی، بارها خواستار برخورد با حمله‌کنندگان و ضاربان و همچنین  آمران (دستوردهندگان) این حادثه شد.
شعبه‌‌ی ۱۰۱ دادگاه کیفری بدوی شیراز، شش نفر از حمله‌کنندگان را به دو ماه حبس و ۱۰ ضربه شلاق و دو نفر از آنها را به چهار ماه و نیم حبس و ۳۷ ضربه شلاق محکوم کرد؛ یکی از مسؤولان دانشگاه که در این پرونده متهم بود، به دو سال انفصال از خدمت تعلیقی و فرد دیگر هم به دو سال انفصال قطعی از خدمات دولتی محکوم شد. دانشجوی دعوت‌کننده از مطهری هم به حکم دادگاه، به پرداخت یک‌ میلیون تومان جزای نقدی محکوم شد.